在行政诉讼案件中，法院确实可以在判决书中驳回对其中一个被告的起诉。这一结论基于以下法律背景和逻辑分析：

1. 法律依据与程序正当性
   根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十九条及相关司法解释，行政诉讼中若存在多个被告，法院需审查各被告是否符合法定起诉条件（如主体资格、与被诉行为的关联性等）。若某一被告明显不符合起诉条件（例如非适格被告、与案件无利害关系），法院可在立案阶段或审理过程中依职权裁定驳回对该被告的起诉，并在判决书中明确说明理由。这一程序既符合“一事一诉”原则，也避免了诉讼资源的浪费。

2. 实务中的常见情形

   • 主体不适格：例如，原告将行政机关的内部机构列为被告，但该机构无独立承担法律责任的能力，法院会驳回对其起诉，同时保留对适格行政机关的审理。
     
   • 行为无关联性：若多个被告中，某一被告的行为与被诉行政行为无直接因果关系（如辅助性行为未影响原告权利），法院可能驳回对该被告的起诉。
     
   • 重复起诉或管辖问题：若某一被告已因同一事实被其他法院生效判决处理，或存在管辖权冲突，法院也可能驳回对其起诉。

3. 法律后果与原告权利保障
   驳回对部分被告的起诉不影响对其他被告的审理，原告仍可针对剩余被告主张权利。若原告认为驳回裁定有误，可在法定期限内上诉（通常为收到裁定书之日起10日内），由上级法院审查是否应追加或保留该被告。

建议与风险提示

• 若您作为原告遇到此类情况，需重点审查起诉时列明的被告是否均符合法定条件（如是否为作出行政行为的主体、是否有独立承担责任的能力等）。
  
• 若您作为被告被法院驳回起诉，需评估驳回理由是否成立，必要时通过上诉或申请再审维护程序权利。
  
• 行政诉讼中被告的确定具有较强专业性，建议结合具体案情（如行政行为类型、被告职责范围等）进一步分析。

如有进一步疑问或需要针对具体案件分析，可直接向我咨询，我将结合您的案情提供详细解答。