打工者若被登记为公司法人代表后发现公司存在违法行为，需立即采取以下措施保护自身权益，具体分情况处理如下：

1. 若对违法行为不知情且未参与

   • 立即取证：收集能证明自己未参与经营决策的证据，如劳动合同、考勤记录、工资流水等，证明自己仅是名义上的法人代表，未实际行使管理职权。
     
   • 申请变更登记：向公司股东或实际控制人提出书面申请，要求变更法人代表登记。若对方拒绝，可向市场监管部门投诉或通过诉讼要求涤除登记（依据《公司法》第13条，法人代表变更需公司配合办理登记）。
     
   • 配合调查时如实陈述：若被行政机关或司法机关调查，需如实说明自己未参与违法活动，避免因隐瞒或虚假陈述承担更重责任。

2. 若被迫参与违法行为（如被胁迫签字、盖章）

   • 固定胁迫证据：立即报警并保留报警记录，同时收集聊天记录、录音等证据，证明自己是在被胁迫情况下参与违法活动（依据《刑法》第28条，被胁迫参加犯罪的属胁从犯，可减轻或免除处罚）。
     
   • 主动向监管部门坦白：向市场监管、税务等部门说明情况，提交证据证明自己是被利用的“工具人”，争取从轻处理（依据《行政处罚法》第32条，主动消除危害后果的可减轻处罚）。
     
   • 避免继续参与：立即停止所有与公司违法活动相关的行为，防止被认定为“共同犯罪”。

3. 若明知公司违法仍担任法人代表

   • 承担行政或刑事责任风险：作为法人代表，可能因公司违法行为（如虚开发票、非法经营等）被追究行政责任（如罚款、禁业限制）或刑事责任（如单位犯罪中直接负责的主管人员需担责）。
     
   • 自首与退赃：若已构成犯罪，主动向公安机关投案并退还违法所得，可依据《刑法》第67条争取从轻或减轻处罚。
     
   • 民事赔偿连带责任：若公司无法清偿债务，债权人可能依据《公司法》第20条要求法人代表对公司债务承担连带责任（需证明法人代表存在滥用权利、逃避债务等行为）。

关键提醒：

• 打工者担任法人代表前，务必通过“国家企业信用信息公示系统”查询公司经营状况，拒绝为“空壳公司”或高风险企业挂名。
  
• 若已陷入纠纷，建议携带公司章程、股权结构图、参与决策的证据等材料，直接向我咨询具体应对方案。