结论：员工上班打游戏扣款1000是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度
- 合法情形：如果公司有明确的规章制度，规定员工在工作时间不得从事与工作无关的活动（如打游戏），并且明确规定了违反此规定的处罚措施，包括扣款的具体金额和方式，且该规章制度已经通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向员工进行了公示或告知，那么公司依据此规章制度对员工进行扣款1000元，在程序上是合法的。但需注意，扣款金额应当合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 不合法情形：如果公司没有明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定，或者未向员工公示或告知，那么公司依据此对员工进行扣款就缺乏合法依据，属于违法行为。
劳动合同的角度
- 合法情形：如果劳动合同中明确约定了员工在工作时间不得从事与工作无关的活动，以及违反此约定的处罚措施，包括扣款的具体金额和方式，那么公司依据劳动合同的约定对员工进行扣款是合法的。但同样需注意扣款金额的合理性和剩余工资不得低于最低工资标准的要求。
- 不合法情形：如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么公司不能随意对员工进行扣款。
法律法规的角度
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
- 如果员工上班打游戏并未给公司造成经济损失，或者公司无法证明经济损失的具体数额，那么公司对员工进行扣款就缺乏法律依据。即使员工的行为违反了公司规章制度或劳动合同约定，公司也不能随意扣款，而应通过其他方式（如警告、记过等）进行处罚。
建议：
- 对于公司而言，应制定完善的规章制度和劳动合同，明确员工的工作纪律和处罚措施，并通过民主程序制定和公示或告知员工，以确保处罚的合法性和有效性。
- 对于员工而言，应遵守公司的规章制度和劳动合同约定，认真履行工作职责，避免从事与工作无关的活动。如果认为公司的处罚不合理或违法，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。
示例：
假设某公司规章制度明确规定：“员工在工作时间不得从事与工作无关的活动，如打游戏、聊天等。违反此规定的，每次扣款200元，且当月累计扣款不得超过1000元。”如果某员工在工作时间打游戏被公司发现，且公司能够证明该员工违反了规章制度，那么公司依据规章制度对该员工扣款200元（或当月累计扣款不超过1000元）是合法的。但如果公司直接扣款1000元且没有明确的规章制度或劳动合同约定作为依据，或者扣款后员工的剩余工资低于当地最低工资标准，那么公司的行为就是违法的。