当合同单价与投标单价不一致时，通常应以投标文件中的单价为准，但具体还需依据招标文件的规定以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 投标人应按照招标文件的要求编制投标文件，并对招标文件的实质性要求和条件作出响应。投标文件是投标人对招标要求的全面和正式回应，其报价（包括单价）具有法律效力。
处理原则：
- 以投标文件为准：在大多数情况下，投标文件作为投标人对招标要求的正式回应，其报价（单价）应被视为最终报价，具有优先效力。
- 招标文件优先：如果招标文件对单价不一致有特别规定，如“以投标报价单为准”或特定的修正方法，则应遵循这些规定。
- 公开、公平、公正：整个处理过程应遵循这一原则，确保所有投标人的权益得到平等对待。
二、具体处理步骤与考虑因素
核对文件：
- 招标人应仔细核对投标文件和投标报价单中的单价内容，确保理解无误。这是发现不一致并采取后续措施的基础。
沟通澄清：
- 及时与投标人取得联系，就单价不一致的问题进行沟通，并要求其提供解释或更正。这有助于明确双方的真实意图，避免误解和纠纷。
正式更正：
- 如果投标人确认单价存在错误，应要求其提供正式的澄清或更正文件，并明确以哪份文件为准。这是确保合同单价准确性和合法性的重要步骤。
评标与定标：
- 在评标和定标过程中，应严格按照更正后的单价或投标文件中的单价进行评审和决策。这有助于确保评标的公正性和准确性。
三、特殊情况处理
细微偏差：
- 如果单价不一致被认定为细微偏差，且不影响投标文件的实质性内容，评标委员会可以按照一定的规则对单价进行修正，通常以投标文件中的单价为准修正总价（如果总价也受影响的话）。但这一修正应遵循招标文件的规定或行业惯例。
重大偏差：
- 如果单价不一致导致无法确定准确的投标报价，或者对其他投标人不公平，可能被认定为重大偏差。此时，该投标可能会被视为无效投标，或者需要投标人重新提供准确的报价。
招标文件特别规定：
- 如果招标文件中对单价不一致的情况有特别的处理规定，如特定的修正方法或判定标准，则应严格按照这些规定执行。这有助于确保招标过程的合法性和公正性。
四、法律建议与预防措施
法律建议：
- 在签订合同前，双方应仔细核对合同单价与投标单价是否一致，确保合同内容的准确性和合法性。
- 如果发现不一致，应及时沟通并寻求法律意见，以避免后续纠纷和损失。
预防措施：
- 投标人在准备投标文件时应认真核对各项内容，特别是单价部分，确保准确性和一致性。
- 招标人应在招标文件中明确单价的要求和格式，减少误解和错误的发生。
- 加强招标过程中的沟通和监督，及时发现并纠正单价不一致的问题。
综上所述，当合同单价与投标单价不一致时，应首先依据招标文件的规定来处理；若招标文件未明确规定，则通常应以投标文件中的单价为准。在整个处理过程中，应遵循公开、公平、公正的原则，并加强沟通和监督，以确保招标过程的合法性和公正性。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。