合作协议书既可以盖公章，也可以盖合同章，具体选择哪种章主要取决于公司的内部规定和实际操作习惯，但两种章在法律效力上并无本质区别。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公章与合同章的法律效力：

   • 公章：是公司最高权力的象征，代表了公司的法人意志。在法律上，公章具有最高的法律效力，用于公司对外的重要文件、合同、证明等。
   • 合同章：是专门用于签订合同的印章，它代表了公司在合同签订方面的授权。在合同上加盖合同章，即表示公司对该合同的认可和接受。

2. 选择盖公章还是合同章的考虑因素：

   • 公司内部规定：有些公司可能规定，所有对外合同必须加盖公章，以确保合同的严肃性和法律效力。而有些公司则可能允许在特定情况下使用合同章，以简化流程和提高效率。
   • 实际操作习惯：在实际操作中，公司可能根据合同的重要性、交易对方的习惯以及公司自身的风险管理策略来选择使用公章还是合同章。例如，对于金额较大、风险较高的合同，公司可能更倾向于使用公章；而对于一些日常性的、风险较低的合同，则可能使用合同章。

3. 法律建议：

   • 明确公司规定：在签订合作协议书之前，建议先了解公司内部关于印章使用的规定，以确保选择正确的印章。
   • 考虑合同性质：根据合同的性质、金额、风险等因素，合理选择使用公章还是合同章。如果合同涉及重大利益或风险较高，建议使用公章以增强合同的法律效力。
   • 保持一致性：在同一份合同中，应避免同时使用公章和合同章，以免给对方造成混淆或误解。如果公司有多个印章，应在合同中明确说明所使用的印章类型和效力。

4. 可能的法律后果：

   • 如果错误地使用了印章（如使用了无效印章或未经授权的印章），可能导致合同无效或产生其他法律纠纷。
   • 如果合同上加盖的印章与合同内容不符或存在瑕疵（如印章模糊、印章与签名不符等），也可能影响合同的法律效力。

总结来说，合作协议书既可以盖公章也可以盖合同章，但具体选择哪种章应根据公司的内部规定和实际操作习惯来决定。在签订合同时，应确保所使用的印章是有效且经过授权的，以避免潜在的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。