结论：在店铺账本对不上，只有员工操作记录，又没有直接证据证明员工拿钱的情况下，处理起来确实有一定难度，但并非毫无办法。以下是从不同角度给出的分析和建议。
一、法律角度分析
证据收集与固定：
- 尽管目前没有直接证据证明员工拿钱，但应尽可能收集其他间接证据，如监控录像（如果有的话）、员工操作记录中的异常点、其他员工的证言等。
- 对现有的员工操作记录进行详细分析，寻找可能的线索或模式，比如特定时间段的异常操作、特定员工的频繁异常记录等。
法律程序：
- 如果怀疑员工有侵占公司财产的行为，可以考虑向公安机关报案，由公安机关进行调查。在报案时，应提供所有可用的证据和线索。
- 同时，也可以考虑通过民事诉讼途径解决，即向法院提起诉讼，要求员工返还侵占的财产。但需要注意的是，民事诉讼需要充分的证据支持，否则可能面临败诉的风险。
法律责任：
- 如果员工确实存在侵占公司财产的行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能构成职务侵占罪，将面临刑事处罚。
- 即使不构成犯罪，员工也可能因违反公司规章制度或劳动合同而承担民事责任，如返还侵占的财产、赔偿损失等。
二、实际操作建议
内部调查：
- 在采取法律行动之前，可以先进行内部调查，了解事情的具体经过和原因。这有助于更准确地判断员工的责任，并为后续的法律行动提供有力支持。
- 内部调查时，应确保调查的公正性和客观性，避免对员工造成不必要的冤枉或伤害。
与员工沟通：
- 在掌握一定证据或线索后，可以尝试与员工进行沟通，了解其解释和态度。这有助于判断员工的诚信度和是否愿意配合解决问题。
- 沟通时，应保持冷静和理性，避免情绪化的指责或攻击。
完善内部管理：
- 此次事件也暴露出店铺在内部管理方面可能存在的问题。因此，应借此机会完善内部管理制度，如加强账本管理、规范员工操作流程、建立有效的监督机制等。
- 通过完善内部管理，可以减少类似事件的发生，保护公司的财产安全。
三、特殊情况考虑
- 如果员工操作记录显示异常，但无法直接证明其拿钱，且员工坚决否认，此时应谨慎处理。在没有充分证据的情况下，不宜轻易对员工进行处罚或解雇，以免引发劳动纠纷或法律诉讼。
- 可以考虑与员工协商，要求其配合进行进一步的调查或提供解释。如果员工愿意配合，且调查结果显示其确实存在问题，那么可以依法进行处理；如果员工不愿意配合或调查结果显示其无问题，那么应尊重事实，避免对员工造成不必要的伤害。
四、后续行动建议
- 在处理完此次事件后，应总结经验教训，加强店铺的财务管理和内部控制，防止类似事件再次发生。
- 如果对法律程序或证据收集等方面存在疑问或不确定，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总之，在处理店铺账本对不上的问题时，应保持冷静和理性，尽可能收集证据和线索，依法进行处理。同时，也应加强内部管理，完善相关制度，保护公司的财产安全。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。