医疗机构将已扫码销售的药发现后退药，这一行为是否违法，需分情况讨论：

1. 若退药行为符合相关法律法规及医疗机构内部规定：

   • 在某些情况下，如药品存在质量问题、患者因特殊原因无法继续使用等，医疗机构根据相关规定或内部流程进行退药，是合法且合理的。这种退药行为通常不会涉及违法问题，而是医疗机构对患者权益的一种保障。
   • 法律依据：虽然直接针对医疗机构退药行为的法律条款可能并不明确，但根据《药品管理法》等相关法律法规，医疗机构有义务确保药品的质量和安全，对于存在问题的药品应及时处理，包括退药。同时，医疗机构内部也可能有关于退药的具体规定和流程。

2. 若退药行为违反相关法律法规或医疗机构内部规定：

   • 如果医疗机构在退药过程中存在违规行为，如未经患者同意擅自退药、退药后未按规定处理药品（如重新销售给其他患者）等，则可能构成违法。这种行为不仅可能损害患者的权益，还可能对药品的质量和安全构成威胁。
   • 具体违法情形：
     • 未经患者同意退药：医疗机构在未经患者明确同意的情况下，擅自将已销售给患者的药品退回，可能侵犯患者的财产权。
     • 退药后重新销售：如果医疗机构将退药的药品未经严格检查和处理就重新销售给其他患者，可能违反《药品管理法》中关于药品销售的规定，对患者的健康构成潜在威胁。
     • 违反内部规定：医疗机构内部可能有关于退药的具体规定和流程，如退药需经过特定部门审批、需记录退药原因等。如果医疗机构在退药过程中未遵守这些规定，也可能构成违规。

3. 关于“二次扫码销售”的特别说明：

   • “二次扫码销售”通常指的是药品在首次销售后，因某种原因被退回，并再次被销售给其他患者。如果这一行为未经严格的质量检查和处理，且违反了相关法律法规或医疗机构内部规定，则可能构成违法。
   • 风险点：二次销售的药品可能因存储条件变化、有效期缩短等原因导致质量下降，对患者的健康构成潜在风险。因此，医疗机构在退药和再次销售过程中应严格遵守相关规定，确保药品的质量和安全。

法律建议：

• 对于患者而言，如果发现医疗机构存在违规退药行为，应及时向医疗机构提出异议，并保留相关证据（如购药凭证、退药记录等）。必要时，可以向当地卫生行政部门或药品监管部门投诉举报。
• 对于医疗机构而言，应建立健全退药管理制度和流程，确保退药行为的合法性和合规性。同时，加强对医务人员的培训和教育，提高其对退药行为的认识和重视程度。

总结：医疗机构将已扫码销售的药发现后退药是否违法，需根据具体情况判断。如果退药行为符合相关法律法规及医疗机构内部规定，则通常不构成违法；如果违反相关规定或流程，则可能构成违法并承担相应的法律责任。因此，医疗机构在退药过程中应严格遵守相关规定和流程，确保患者的权益和药品的质量安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。