公司不全额发放工资一般是不合法的，但具体是否合法还需根据实际情况来判断。以下从几个方面为你详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 这意味着，公司应当按照劳动合同的约定，全额、按时支付劳动者的工资，不得随意克扣或拖欠。
二、可能存在的合法情形
尽管法律有明确规定，但在某些特定情况下，公司不全额发放工资可能具有一定的合法性或合理性，不过这些情形通常都有严格的限制条件：
代扣代缴费用：公司可以按照国家规定，从劳动者工资中代扣代缴个人所得税、社会保险费等法定费用。这些费用是劳动者应当承担的，因此公司代扣代缴是合法的。
扣除赔偿费用：如果劳动者因本人原因给公司造成了经济损失，公司可以按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失。不过，这种扣除通常有一定的限制，比如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
特殊情况下的工资支付：在某些特殊情况下，如劳动者因事假、旷工等未提供正常劳动，公司可以按照相关规定或劳动合同的约定，不支付或减少支付相应期间的工资。
三、不合法的情形及后果
如果公司无正当理由不全额发放工资，如无故克扣工资、以不合理的理由减少工资等，则构成违法行为。这种情况下，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司沟通协商：首先，劳动者可以尝试与公司进行沟通，了解不全额发放工资的具体原因，并寻求解决方案。
向劳动监察部门投诉：如果沟通无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门会依法对公司的违法行为进行监督检查，并责令公司纠正。
申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
提起诉讼：如果劳动者对劳动仲裁结果不满意，还可以在拿到仲裁书后15天之内向法院提起诉讼，通过法律途径进一步维护自己的合法权益。
四、建议与提醒
保留证据：在处理此类问题时，劳动者应保留好与工资支付相关的证据，如工资条、劳动合同、考勤记录等。这些证据在维权过程中将起到至关重要的作用。
及时行动：如果发现公司不全额发放工资，劳动者应及时采取行动，避免超过法定的维权时效。
了解法律：劳动者应了解自己的合法权益和相关的法律法规，以便在遇到问题时能够做出正确的判断和决策。
总之，公司不全额发放工资一般是不合法的，但具体是否合法还需根据实际情况来判断。如果劳动者遇到此类问题，建议及时与公司沟通协商，并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。