结论：事业单位和国企在年休假期间奖金发放政策上的差异，主要源于各自内部规章制度的不同以及可能存在的行业特性或单位福利政策差异，但这并不意味着国企扣奖金的做法一定合法或合理，具体需结合单位规章制度及劳动合同内容判断。以下从几个角度详细分析：
法律法规层面：
- 根据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》，职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，即带薪年休假。这里的“工资收入”通常指的是职工的基本工资或固定工资部分，并不直接涉及奖金、津贴等浮动收入。
- 法律法规并未明确规定年休假期间是否应发放奖金，这给了用人单位一定的自主权来制定内部规章制度。
单位规章制度层面：
- 事业单位和国企作为用人单位，有权根据自身情况制定内部规章制度，包括年休假期间的工资福利政策。
- 如果事业单位的规章制度中明确规定了年休假期间不扣减奖金，而国企的规章制度中则规定了扣减奖金，那么这种差异就是基于各自内部规定的不同。
- 关键在于：这些规章制度是否经过合法程序制定（如职工代表大会讨论通过），是否已向职工公示或告知，以及是否违反了法律法规的强制性规定。
劳动合同层面：
- 劳动合同是用人单位与职工之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确约定了年休假期间的工资福利政策，包括奖金的发放与否，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么应参照用人单位的规章制度以及相关法律法规的规定。
合理性与公平性角度：
- 即使国企的规章制度中规定了年休假期间扣减奖金，也需要考虑这种规定是否合理和公平。
- 如果奖金是职工劳动报酬的重要组成部分，且年休假是职工的法定权利，那么扣减奖金可能会被视为对职工权益的侵害。
- 在这种情况下，职工有权向用人单位提出异议，或者通过劳动争议调解、仲裁等途径维护自己的合法权益。
建议：
- 如果你对国企扣减年休假期间奖金的做法有异议，首先应查阅单位的规章制度和劳动合同，了解相关规定。
- 如果认为规定不合理或违反了法律法规，可以与用人单位进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
最后，每个单位的具体情况可能有所不同，如果你在处理此类问题时遇到困难或有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。