年底公司扣发奖金，是否可以申请劳动仲裁以及是否合法，需分情况讨论：

1. 若奖金属于劳动合同或公司规章制度中明确约定的部分

   • 合法性：公司扣发奖金的行为通常不合法。根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，这包括基本工资和奖金等。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了奖金的发放条件、标准和时间，且劳动者已满足这些条件，那么公司无正当理由扣发奖金，就构成了违法。
   • 劳动仲裁：劳动者有权向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被扣发的奖金。在申请仲裁时，劳动者需要提供劳动合同、公司规章制度、奖金发放记录等相关证据，以证明公司扣发奖金的行为违法。

2. 若奖金未在劳动合同或公司规章制度中明确约定，但属于公司惯例或口头承诺

   • 合法性：这种情况下，公司扣发奖金的合法性可能存在一定的争议。如果公司能够证明扣发奖金是基于合理的经营考虑或劳动者存在过错，且这种扣发行为符合行业惯例或公司内部规定（尽管未书面化），那么可能被视为合法。然而，如果劳动者能够证明公司存在口头承诺或惯例发放奖金，且自己已满足发放条件，那么公司扣发奖金的行为可能构成违法。
   • 劳动仲裁：劳动者仍然可以尝试向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，但需要提供充分的证据来证明公司存在口头承诺或惯例发放奖金，以及自己已满足发放条件。由于证据可能较为难以收集，这种情况下劳动仲裁的难度可能较大。

3. 若奖金属于非固定性、非经常性的奖励

   • 合法性：对于非固定性、非经常性的奖励，如年终奖、项目奖等，公司通常拥有较大的自主权来决定是否发放以及发放的金额。如果公司能够证明扣发奖金是基于合理的经营考虑或劳动者存在过错，且这种扣发行为符合公司内部规定或行业惯例，那么可能被视为合法。
   • 劳动仲裁：在这种情况下，劳动者申请劳动仲裁的难度可能较大，因为公司通常拥有较大的自主权来决定非固定性、非经常性奖励的发放。然而，如果劳动者能够证明公司存在不公平、不合理的扣发行为，或者扣发行为违反了公司内部规定或行业惯例，那么仍然可以尝试申请仲裁。

建议：

• 在遇到公司扣发奖金的情况时，劳动者首先应当与公司进行沟通协商，了解扣发奖金的具体原因和依据。
• 如果沟通无果，劳动者可以收集相关证据（如劳动合同、公司规章制度、奖金发放记录、口头承诺记录等），并向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
• 在申请仲裁前，劳动者也可以咨询专业律师或法律援助机构，以获取更具体的法律建议和帮助。

后续行动：

• 如果你正面临公司扣发奖金的问题，并且不确定如何维护自己的权益，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供详细的法律建议和帮助。