结论：甲方能否以3个月前的违章照片对施工单位进行罚款，需结合合同约定、时效性、证据合法性及程序合规性综合判断，具体分析如下：

1. 合同约定优先
   若施工合同中明确约定“甲方有权对乙方历史违章行为进行追溯处罚”，且未限定处罚时效（如“发现后XX日内处罚”），则甲方行为可能具有合同依据。但需注意：

   • 合同条款不得违反《民法典》第153条（违背公序良俗或强制性规定），例如约定“无限期追溯处罚”可能因显失公平被认定无效；
     
   • 若合同未约定追溯期，甲方仍需受《民法典》第188条诉讼时效限制（通常为3年），但行政处罚类条款可能适用特别时效（如《行政处罚法》第36条规定的2年追责期，但需注意甲方是否具有行政处罚权）。

2. 时效性限制

   • 民事角度：若甲方主张的是合同违约罚款，需在知道或应当知道违约行为后合理期限内主张权利（司法实践中通常为1-2年），逾期可能因“怠于行使权利”被驳回；
     
   • 行政角度：若甲方依据地方性法规或规章行使行政处罚权（如建设主管部门委托甲方代为处罚），则需严格遵守《行政处罚法》第36条规定的2年追责期，超过期限的处罚决定可能被撤销。

3. 证据合法性

   • 违章照片需满足“真实性、关联性、合法性”要求：
     
     • 真实性：照片需清晰显示违章时间、地点、行为主体（如施工单位标识）；
       
     • 关联性：需证明违章行为与施工单位存在直接因果关系；
       
     • 合法性：若照片由甲方自行拍摄，需确保未侵犯施工单位隐私权（如未经允许进入施工区域拍摄），且拍摄手段合法（如未使用窃听窃照设备）。
       
   • 若照片存在篡改、模糊或来源不明等情形，可能被认定为无效证据。

4. 程序合规性
   即使合同约定和证据均合法，甲方仍需履行法定程序：

   • 通知义务：需在处罚前书面告知施工单位违章事实、处罚依据及申辩权利；
     
   • 听证权利：若罚款金额较大（如超过当地规定的听证标准），施工单位有权要求听证；
     
   • 送达程序：处罚决定需依法送达施工单位，否则不生效。

建议行动：

• 施工单位可要求甲方提供：
  
  1. 施工合同中关于追溯处罚的具体条款；
     
  2. 违章照片的原始载体及拍摄时间、地点证明；
     
  3. 处罚决定的书面文件及送达凭证。
     
• 若甲方无法提供完整证据或程序违法，施工单位可拒绝缴纳罚款，并通过协商、投诉或诉讼途径维权。
  

如有进一步细节（如合同条款内容、照片拍摄方式等），可向我补充说明，以便更精准分析。