核心结论：若行政处罚因调查期限超过90天未进行处罚，可分以下情况处理：

1. 若法律明确规定调查期限为90天
   根据《行政处罚法》及相关单行法（如《治安管理处罚法》），若法律明确规定行政机关的调查期限为90天，且未赋予延长权限，则超过期限未作出处罚决定的，属于程序违法。此时，行政相对人可采取以下措施：

   • 申请行政复议：向作出处罚决定的行政机关的上一级主管部门或同级人民政府提出复议申请，主张程序违法并请求撤销未作出的处罚决定（或确认程序违法）。
     
   • 提起行政诉讼：若复议未果或直接选择诉讼，可向法院起诉行政机关“不作为”，要求法院判决行政机关在一定期限内履行处罚职责或确认其超期行为违法。
     
   • 注意时效：复议期限为知道行政行为之日起60日内，诉讼期限为6个月内，需及时行使权利。

2. 若法律未明确规定调查期限或允许延长
   部分法律（如《市场监督管理行政处罚程序规定》）可能未严格限定调查期限，或允许行政机关在“情况复杂”时经批准延长。此时需分情况判断：

   • 行政机关已依法延长：若行政机关在期限届满前依法办理了延长手续，并告知相对人，则超期行为合法，处罚决定仍有效。
     
   • 行政机关未依法延长：若未履行延长程序（如未批准、未告知），则仍构成程序违法，相对人可按上述途径主张权利。
     
   • 关键证据：相对人需通过行政机关的书面通知、延长审批文件等证据，证明其是否依法延长期限。

3. 程序违法后的法律后果
   即使调查超期，若行政机关最终作出处罚决定，法院或复议机关可能因程序违法而撤销处罚（如《行政诉讼法》第70条）。但若超期未影响相对人实质权利（如未因超期遭受额外损失），法院也可能仅确认程序违法而不撤销处罚（“程序轻微违法+无实质影响”原则）。

实务建议：

• 保留行政机关调查期间的通知、文书等证据，证明期限是否超期；
  
• 若行政机关未作出处罚决定，可先发函催告其履行职责；
  
• 涉及复杂案件时，建议委托律师分析具体法律条文及地方性规定，制定针对性策略。
  

如有进一步细节（如具体领域、是否收到延长通知等），可直接向我咨询，我会结合案情提供更精准的分析。