侵犯注册商标专用权的情况下，是可以没收主要用于制造侵权商品的原材料的。以下从法律背景、具体规定和法律后果三个角度进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国商标法》的相关规定，对于侵犯注册商标专用权的行为，法律赋予了权利人一定的救济途径，同时也规定了侵权人应承担的法律责任。这些规定旨在保护商标权人的合法权益，维护市场秩序，促进公平竞争。
具体规定
在《中华人民共和国商标法》第六十三条中，明确规定了人民法院在审理商标纠纷案件时，应权利人请求，对属于假冒注册商标的商品，除特殊情况外，可以责令销毁；对主要用于制造假冒注册商标的商品的材料、工具，同样可以责令销毁，且不予补偿。这一规定直接回应了您的问题，即在侵犯注册商标专用权的情况下，法院有权没收主要用于制造侵权商品的原材料。
法律后果
没收原材料：如前所述，如果侵权行为被证实，且原材料主要用于制造假冒注册商标的商品，那么这些原材料将被法院责令销毁，且侵权人不会因此获得任何补偿。这是法律对侵权行为的一种严厉制裁，旨在剥夺侵权人继续实施侵权行为的能力。
赔偿损失：除了没收原材料外，侵权人还需要承担赔偿损失的责任。赔偿数额的计算方式有多种，包括按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定、按照侵权人因侵权所获得的利益确定、参照该商标许可使用费的倍数合理确定等。在恶意侵犯商标专用权且情节严重的情况下，赔偿数额还可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定。
其他法律责任：根据侵权行为的情节和后果，侵权人还可能面临其他法律责任，如罚款、没收违法所得、责令停止侵权行为等。
实际应用中的注意事项
证据收集：在主张没收原材料和赔偿损失时，权利人需要提供充分的证据来证明侵权行为的存在以及原材料与侵权行为之间的关联性。这可能需要权利人进行深入的调查取证工作。
法律程序：权利人需要通过法律程序来维护自己的权益，包括向法院提起诉讼、申请证据保全、申请财产保全等。这些程序需要遵循一定的法律规则和程序要求。
专业协助：由于商标侵权案件往往涉及复杂的法律问题和事实认定，因此权利人在处理此类案件时最好寻求专业律师的协助。律师可以提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助权利人更好地维护自己的权益。
综上所述，侵犯注册商标专用权的情况下，法院有权没收主要用于制造侵权商品的原材料。这是法律对侵权行为的一种严厉制裁，旨在保护商标权人的合法权益和维护市场秩序。如果您在商标权方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。