针对您提出的“包工给工人已发工资有转账记录但第三方审计不承认”的问题，核心结论是：您可以通过补充证据链、与审计方沟通、申请第三方鉴定或寻求法律救济等途径来维护自身权益。以下是具体分析和建议：

1. 补充完善证据链
   转账记录虽是直接证据，但审计方可能因以下原因不认可：

   • 记录不完整：如未备注“工资”或仅显示金额，无法直接证明款项性质；
     
   • 关联性存疑：若转账对象与工人名单不一致，或存在代收情况，需补充授权委托书、工人确认函等材料；
     
   • 形式瑕疵：如转账记录为截图而非银行盖章的流水单，或电子数据未经过公证。
     建议：立即整理所有转账记录（含银行流水、电子回单），并附上工人签字确认的工资表、劳动合同或劳务协议，形成完整证据链。

2. 与审计方沟通核实
   审计方不承认的原因可能包括：

   • 审计标准差异：如审计要求“工资支付需通过公对公账户”或“需提供完税证明”，而您采用私对私转账；
     
   • 程序性要求：如未在规定时间内提交材料，或未按审计格式提供文件。
     建议：主动联系审计方，要求其出具书面不认可理由，并针对其要求补充材料或说明情况。若审计方存在程序违法（如未告知异议权利），可提出书面异议。

3. 申请第三方鉴定或复核
   若审计方坚持不认可且理由不充分，您可：

   • 委托会计师事务所复核：由专业机构对转账记录与工资支付的关联性进行鉴定，出具独立报告；
     
   • 申请行政复议或诉讼：若审计结果影响您的合法权益（如工程款结算），可向审计机关的上级部门申请复议，或直接向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更审计结论。

4. 预防性措施：未来规范操作
   为避免类似纠纷，建议：

   • 签订书面合同：与工人明确工资标准、支付方式及时间；
     
   • 采用公对公支付：通过银行代发工资，自动生成税务记录；
     
   • 留存书面确认文件：每次支付后要求工人签字确认，并注明“已足额领取工资”。

行动建议：

1. 立即整理所有转账记录及工人确认文件；
   
2. 书面要求审计方说明不认可的具体理由；
   
3. 根据审计方反馈，选择补充证据、申请复核或法律途径；
   
4. 未来务必规范工资支付流程，降低法律风险。
   

若需进一步协助（如审核证据材料或起草法律文件），可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细方案。