结论：在事实劳动关系离职补偿时，协议上写承揽合同关系补偿对员工来说通常是不利的，不建议员工轻易接受这样的协议。
分析：
法律关系认定：
- 事实劳动关系与承揽合同关系在法律上有本质区别。事实劳动关系是指用人单位与劳动者之间虽未签订书面劳动合同，但双方实际履行了劳动权利和义务而形成的劳动关系。而承揽合同关系则是承揽人按照定作人的要求完成工作，交付工作成果，定作人支付报酬的合同关系。
- 如果员工与用人单位之间实际存在的是事实劳动关系，但在离职补偿协议中却写为承揽合同关系，这可能导致员工在后续维权时面临法律关系认定的困难。因为一旦认定为承揽合同关系，员工可能无法享受劳动关系下的相关权益，如经济补偿金、社会保险等。
补偿标准差异：
- 在事实劳动关系下，员工离职时通常有权获得经济补偿金，具体标准根据《劳动合同法》等相关法律法规确定，一般与员工的工作年限、工资水平等因素有关。
- 而在承揽合同关系下，定作人（即原用人单位）通常只需支付承揽人（即原员工）完成工作的报酬，无需支付额外的经济补偿金。因此，如果协议上写承揽合同关系补偿，员工可能无法获得应有的经济补偿。
法律风险与维权难度：
- 接受承揽合同关系补偿的协议可能使员工在后续维权时面临更大的法律风险。因为一旦双方对法律关系产生争议，员工需要承担举证责任，证明双方实际存在的是事实劳动关系而非承揽合同关系。这可能需要员工提供大量的证据材料，如工作证、工资单、考勤记录等，增加了维权的难度和成本。
- 此外，如果员工在离职后才发现自己的权益受到侵害，由于已经签署了承揽合同关系补偿的协议，可能会面临诉讼时效等法律障碍，进一步增加了维权的难度。
建议：
- 谨慎签署协议：员工在离职时，应仔细审查离职补偿协议的内容，确保协议中明确双方的法律关系为事实劳动关系，并明确补偿的标准和方式。如果协议中存在模糊或不利于员工的条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签署。
- 保留证据材料：员工在平时工作中应注意保留与劳动关系相关的证据材料，如工作证、工资单、考勤记录等。这些证据材料在后续维权时可能起到关键作用。
- 寻求法律帮助：如果员工对离职补偿协议的内容或法律关系认定存在疑问或争议，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况为员工提供法律咨询和维权建议，帮助员工维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果员工轻易接受了承揽合同关系补偿的协议，并在后续发现自己的权益受到侵害，可能会面临维权困难、无法获得应有经济补偿等不利后果。因此，员工在签署离职补偿协议时应保持谨慎态度，确保自己的权益得到充分保障。