合同工在病假期间，工资通常不会被全额扣除，但具体发放比例和计算方式需依据劳动合同、用人单位规章制度以及相关法律法规来确定。以下是对此问题的详细解析：
一、法律依据与基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在患病或非因工负伤的情况下，依法享有医疗期。在此期间，用人单位应当按照法律规定和合同约定向劳动者支付病假工资或疾病救济费，以保障劳动者在生病期间的合法权益，确保其基本生活需求得到满足。
二、病假工资的计算与支付
计算基数：
- 劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准确定。
- 集体合同（工资集体协议）确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同（工资集体协议）标准确定。
- 无任何约定的，假期工资的计算基数统一按劳动者本人所在岗位（职位）正常出勤的月工资的70%确定。这里的“正常出勤月工资”通常指剔除加班工资后的部分。
支付比例：
- 职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，根据连续工龄的长短，支付比例为60%至100%不等。具体来说，连续工龄不满2年的，支付60%；满2年不满4年的，支付70%；满4年不满6年的，支付80%；满6年不满8年的，支付90%；满8年及以上的，支付100%。
- 若连续医疗期间超过6个月，则由企业支付疾病救济费，数额为本人工资的40%至60%，具体比例同样依据连续工龄确定。
计算公式（以连续休假6个月以内为例）：
- 病假工资 = 计算基数 × 支付比例 × 病假天数（按实际休假天数计算，但通常按月计算时，会考虑月工作日天数，如21.75天）
三、最低标准限制
无论是病假工资还是疾病救济费，其支付额均不得低于当地最低工资标准的80%。这是为了确保职工在病假期间的基本生活需求得到满足。
四、特殊情况下的处理
试用期员工：
- 试用期内的员工同样享有病假待遇，用人单位应按照规定支付病假工资。
长期病假：
- 对于长期病假的员工，用人单位可以根据实际情况调整病假工资的计算方式，但不得低于法定最低标准。同时，用人单位应关注员工的病情恢复情况，及时与员工沟通并安排返岗事宜。
违反请假制度：
- 如果员工未按规定履行请假手续而擅自离岗，用人单位可以按照旷工处理，不支付旷工期间的工资。但在此之前，用人单位应确保员工知晓请假制度和流程。
五、实例说明
假设员工小张在当地工作，月工资为5000元（正常出勤月工资，剔除加班工资后），在本单位工作4年，当地最低工资标准为2000元/月。小张请了10天病假，且公司劳动合同未明确约定病假工资计算方式。
- 根据工作年限对应发放比例，小张应享受80%的病假工资支付比例。
- 病假工资计算基数可按小张正常出勤月工资的70%确定，即3500元（但此处为简化计算，我们直接以5000元为基数，因为实际中若劳动合同无特别约定，且集体合同也未规定更高标准时，可按正常出勤工资计算，再乘以支付比例）。
- 小张的病假工资为：\(5000 \times 80\% \div 21.75 \times 10 \approx 1839.08\)元（若按70%基数计算则为\(3500 \times 80\% \div 21.75 \times 10 \approx 1287.36\)元，但此处我们采用更有利于员工的计算方式）。
- 同时，需与当地最低工资标准的80%进行比较。当地最低工资标准80%对应的日工资为\(2000 \times 80\% \div 21.75 \approx 73.56\)元，10天工资为735.6元。
- 由于\(1839.08 > 735.6\)，所以小张这10天病假工资应按1839.08元发放（若按70%基数计算且结果低于最低标准时，则应按最低标准发放）。
综上所述，合同工在病假期间的工资权益受到法律的严格保护。用人单位应按照相关规定支付病假工资或疾病救济费，确保职工的合法权益不受侵害。同时，职工也应积极配合治疗与休息，以促进身体的早日康复。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。