针对怀孕员工申请不坐班的情况，公司应该采取一系列细致且周全的措施来妥善处理。以下是一些建议：

首先，公司需要明确怀孕员工的请假类别。这包括区分员工是申请病假、产假，还是其他特殊情形的请假。因为不同类型的请假，公司需要依据不同的法律法规和内部规定来处理。

其次，公司应依照相关法律法规来处理怀孕员工的请假事宜。例如，在产假期间，公司需按照法律规定正常发放工资。如果是病假，并且在规定的医疗期内，公司也应支付相应的病假工资。这些规定旨在保障怀孕员工的合法权益，公司必须严格遵守。

接下来，持续与怀孕员工进行沟通至关重要。公司应主动了解员工不上班的具体原因，如身体不适或其他个人原因，并要求员工提供相关的医疗证明或其他证明材料。这样做既有助于公司了解员工的实际情况，也能为后续处理提供有力依据。

如果怀孕员工无正当理由长期不上班，公司可以依据内部规章制度进行相应处理，如发出警告、扣除绩效等。但在此过程中，公司必须切记不可因员工怀孕而对其进行歧视或不公平对待。所有处理措施都应基于公正、公平的原则，并确保符合相关法律法规的要求。

最后，如果怀孕员工的行为严重违反了公司的规章制度，且经过多次沟通和警告仍无改善，公司可以依据相关规定解除劳动合同。但在解除劳动合同之前，公司必须遵循法律程序，并确保整个过程的合法性和合规性。

综上所述，处理怀孕员工不坐班的情况需要公司综合考虑多个方面，包括法律法规、员工权益、公司规章制度以及实际情况等。只有采取全面、细致、周到的措施，才能既保障员工的合法权益，又维护公司的正常运营秩序。