公司部分工资发现金是合法的，但需满足一定条件并注意相关风险。以下从法律合规性、实际操作规范、税务与合规要求以及风险与应对四个方面进行详细分析：

1. 法律合规性

• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得以实物及有价证券替代货币支付。现金作为法定货币的一种，用于支付工资不违反任何法律规定。
• 公司章程与内部制度：虽然法律允许现金支付工资，但公司还需遵守自身章程及内部规章制度。若公司章程或相关制度明确规定了工资支付方式（如银行转账），则公司应遵循该规定。若未明确规定，则公司有权选择现金支付部分或全部工资。

2. 实际操作规范

• 支付安全：在采用现金支付时，公司应特别注意支付安全，防止现金丢失或被盗，确保资金安全到达劳动者手中。
• 记录保存：公司必须详细记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名及签字，并妥善保存这些记录至少两年以上，以备未来可能的查询或审计。
• 工资清单提供：每次支付工资时，公司应向劳动者提供一份清晰的个人工资清单，明确列出各项收入及扣款情况，以保障劳动者的知情权。

3. 税务与合规要求

• 个人所得税缴纳：即使工资以现金形式发放，如果工资额超过个人所得税起征点（目前为5000元），劳动者仍需依法缴纳个人所得税。公司作为扣缴义务人，有义务代扣代缴这部分税款。
• 避免逃税漏税：公司应严格遵守税法规定，不得利用现金支付方式进行不规范操作，如逃避代扣代缴个人所得税等违法行为。否则，一旦查实，公司和责任人将面临税务处罚。

4. 风险与应对

• 举证困难：相比银行转账等有记录的支付方式，现金发放可能在证明工资发放情况、确定工资数额时面临举证困难。因此，公司应建立健全的工资支付制度，通过工资条、考勤记录等其他证据材料来辅助证明工资支付情况。
• 劳动纠纷处理：在涉及劳动纠纷（如讨要工资、确认经济补偿基数等）时，公司应积极配合调查，提供必要的证据材料，以确保纠纷得到公正、合理的解决。若因现金支付导致举证困难，公司可能面临不利后果。
• 建议与措施：为降低潜在风险，建议公司优先考虑通过银行转账等电子化方式支付工资，以便更好地接受监管并保障自身权益。若因特殊原因需以现金形式支付部分工资，公司应确保有充分的理由和合理的解释，并尽可能保留相关证据和记录。

总结与建议：公司部分工资发现金是合法的，但需严格遵守相关法律法规和税务要求，确保工资的合法性和合规性。同时，公司也应关注现金支付可能带来的风险和问题，并采取有效措施加以应对和防范。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。