工厂规定十二小时工作制，在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能合法。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下的不合法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家明确实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（一般为四十小时）的工时制度。因此，工厂规定十二小时的上班时间，明显超出了法定的正常工作时长，在未经特定程序和批准的情况下，这种规定是不合法的。

二、特殊情形下的合法性

尽管一般情况下十二小时工作制不合法，但在以下特定条件下，这种安排可能被视为合法：

1. 经过审批实行其他工时制度：

   • 综合计算工时工作制：如果工厂因生产特点不能实行标准工时制度，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。这意味着工厂可以在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在此情况下，即使某一天工作十二小时，只要总周期内的工作时间不超过法定标准，也是被允许的。
   • 不定时工作制：对于某些特定岗位，如高级管理人员、外勤人员等，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制。这类员工不受固定工作时间的限制，但用人单位应确保员工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。

2. 加班情形：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间。一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
   • 在这种情况下，如果工厂与工会和劳动者协商一致，并且支付了相应的加班工资，那么超出八小时之外的工作时间属于加班时间。例如，员工每日工作十二小时，其中八小时为正常工作时间，另外四小时属于加班时间。只要每月总的加班时长不超过三十六小时，并依法支付加班费，这种安排在一定程度上是合法的。

三、加班报酬与休息权

• 加班报酬：根据法律规定，工作日延长工作时间需支付不低于工资150%的报酬；休息日加班优先安排补休，不能补休的支付不低于工资200%的报酬；法定节假日加班必须支付不低于工资300%的报酬，且不得以补休替代。
• 休息权：无论实行何种工时制度，都必须确保劳动者的休息权得到充分保障。用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，避免过度劳动对劳动者造成身心伤害。

四、例外情况

在以下情形下，延长工作时间不受上述限制：

• 发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的。
• 生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的。
• 法律、行政法规规定的其他情形。

五、法律建议

• 对于劳动者：如果工厂长时间安排你每日工作超过十二小时，且未经特定程序和批准，你有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求工厂改正违法行为并支付相应的加班工资及经济补偿。
• 对于用人单位：应严格遵守法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间。如需延长工作时间，应确保符合法律规定并经过相应审批程序，同时依法支付加班工资。

综上所述，工厂规定十二小时的工作时间在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能合法。无论如何，都必须确保劳动者的休息权和健康权得到充分保障，并依法支付相应的加班报酬。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。