万分之五的违约金是否合法，需结合具体情况判断，但通常情况下，只要该约定不违反法律强制性规定且公平合理，就是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与规定
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这表明，违约金的约定是受到法律保护的。
- 同时，该条款也规定，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，违约金的约定并非完全不受限制，而是需要与实际损失相匹配。
违约金的合理性判断：
- 万分之五的违约金比例，在合同中属于常见的约定范围。其是否合法，关键在于是否超过了实际损失的合理预期。如果这一比例与预期损失相当，或者略高于预期损失但仍在合理范围内，那么这样的约定通常是合法的。
- 如果万分之五的违约金比例远高于实际损失，且没有合理的解释或依据，那么这样的约定可能被视为“过分高于造成的损失”，从而面临被法院或仲裁机构调整的风险。
实际操作与建议
合同签订时的注意事项：
- 在签订合同时，双方应充分协商违约金的比例和计算方式，确保约定既符合法律要求，又能合理反映双方的风险预期。
- 如果可能的话，可以在合同中明确约定违约金的调整机制，以便在违约情况发生时，能够根据实际情况进行合理调整。
违约情况发生后的处理：
- 如果一方认为约定的违约金过高或过低，可以在违约情况发生后，向法院或仲裁机构提出调整请求。
- 法院或仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益等因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。
示例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定如果甲方逾期交货，需向乙方支付每日万分之五的违约金。后来，甲方确实逾期交货了，但乙方因此遭受的实际损失远低于每日万分之五的违约金金额。在这种情况下，乙方如果要求甲方支付全额违约金，可能会面临被法院或仲裁机构调整的风险。因为根据《民法典》的规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
总结与建议：万分之五的违约金在通常情况下是合法的，但具体是否合法还需结合实际情况判断。在签订合同时，双方应充分协商并明确约定违约金的比例和计算方式；在违约情况发生后，如果一方认为约定的违约金过高或过低，可以向法院或仲裁机构提出调整请求。如果你在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。