结论：百分百控股的公司（即全资子公司）在特定情况下可以直接起诉其法人（通常指法定代表人），但具体是否可行及起诉的法律依据和程序，需根据实际情况和具体诉求来判断。
分析说明：
公司独立法人地位：
- 公司作为独立的法人实体，拥有自己的财产和权益，能够独立承担民事责任。因此，公司有权以自己的名义进行诉讼活动，包括起诉其法定代表人（如果法定代表人存在侵害公司利益的行为）。
起诉法定代表人的情形：
- 损害公司利益：如果法定代表人利用职权损害公司利益，如侵占公司财产、挪用资金、违规担保等，公司作为受害方，有权通过法律途径追究法定代表人的责任。
- 违反忠实义务：法定代表人对公司负有忠实义务，如果违反这一义务，如与公司进行自我交易、泄露公司商业秘密等，公司同样可以起诉法定代表人。
- 其他违法行为：如果法定代表人存在其他违法行为，如犯罪行为，公司也可以根据相关法律规定，向有关部门报案或直接提起诉讼。
起诉程序与依据：
- 内部决策程序：在起诉法定代表人之前，公司通常需要通过内部决策程序，如董事会或股东会决议，决定是否提起诉讼。这是为了确保公司决策的合法性和合理性。
- 法律依据：起诉的法律依据主要包括《公司法》、《民法典》等相关法律法规。这些法律法规规定了公司、法定代表人以及股东之间的权利义务关系，为起诉提供了法律支持。
特殊情况考虑：
- 全资子公司与母公司的关系：虽然全资子公司由母公司百分百控股，但子公司仍然是独立的法人实体。因此，子公司起诉其法定代表人，并不直接涉及母公司的权益，除非母公司作为子公司的唯一股东，通过子公司决策程序间接影响诉讼。
- 法定代表人身份的重叠：在某些情况下，法定代表人可能同时是公司的股东或高管。这时，起诉法定代表人可能涉及更复杂的法律关系和利益冲突，需要谨慎处理。
法律建议：
- 完善内部治理结构：公司应建立健全内部治理结构，明确法定代表人、董事会、股东会等机构的职责和权限，防止法定代表人滥用职权。
- 加强风险防控：公司应加强对法定代表人的监督和管理，建立风险防控机制，及时发现和制止法定代表人的违法行为。
- 依法维权：如果发现法定代表人存在侵害公司利益的行为，公司应及时收集证据，通过法律途径维护自身权益。
后续行动建议：
- 如果您作为全资子公司的股东或管理者，发现法定代表人存在违法行为或损害公司利益的行为，建议首先通过内部决策程序决定是否提起诉讼。
- 在决定提起诉讼前，务必收集充分的证据，包括但不限于财务记录、合同文件、通信记录等，以支持您的诉求。
- 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保诉讼的合法性和有效性。
如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。