结论：运输关系真实但发票附带的与实际运输路线不一致，这种行为可能违法，具体取决于行为的性质和后果。以下从不同角度进行分析：
从税务合规角度：
- 发票作为税务管理的重要凭证，必须真实反映交易内容。如果发票上注明的运输路线与实际运输路线不一致，这可能导致发票内容不真实，进而违反税务法规。税务机关在核查时，如果发现发票与实际交易不符，可能会对开票方和受票方进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
从合同履行角度：
- 如果运输合同中明确约定了运输路线，而发票上注明的路线与合同约定不符，这可能构成合同违约。受损害方有权要求违约方承担违约责任，包括赔偿损失等。此外，如果这种不一致是由于开票方的故意或重大过失造成的，还可能涉及欺诈等法律问题。
从法律责任角度：
- 如果发票与实际运输路线不一致的行为被认定为故意隐瞒或虚构交易内容，以逃避税务监管或骗取税收优惠等，那么这种行为可能构成犯罪，如逃税罪、虚开发票罪等。一旦构成犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
法律建议：
- 对于开票方而言，应确保发票内容真实、准确，与实际交易相符。如果因特殊原因需要变更运输路线，应及时与受票方沟通并修改合同或补充协议，同时开具正确的发票。
- 对于受票方而言，应仔细核对发票内容与实际交易是否一致。如果发现不一致，应及时与开票方沟通并要求更正。如果开票方拒绝更正或存在其他违法行为，受票方可以向税务机关举报或寻求法律帮助。
可能后果：
- 如果行为被税务机关查处，可能面临税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
- 如果行为构成合同违约，可能面临民事赔偿等法律责任。
- 如果行为构成犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
总之，运输关系真实但发票附带的与实际运输路线不一致的行为可能违法，并可能带来严重的法律后果。因此，建议各方在交易过程中严格遵守法律法规和合同约定，确保发票内容的真实性和准确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。