结论：不满16岁的女孩在超市上班喝了几瓶水没结账，超市扣好多钱的行为是否违法，需分情况讨论。一般来说，超市无权随意扣除高额工资，该行为可能违法。以下从不同角度进行分析：
一、从女孩年龄及劳动关系角度
未成年工的特殊保护：
- 根据我国相关法律规定，不满16周岁的未成年人属于童工，原则上用人单位不得招用。若超市招用了不满16岁的女孩，本身就违反了法律规定，可能会面临劳动行政部门的处罚。
- 即便女孩属于已满16周岁但未满18周岁的未成年工，用人单位也应对其进行特殊的劳动保护，不得安排其从事过重、有毒、有害等危害未成年人身心健康的劳动或者危险作业。对于工资扣除等事项，也应遵循更为严格的规定。
劳动关系的建立与工资支付：
- 若女孩与超市之间建立了劳动关系，超市应按照劳动合同的约定和国家规定，向女孩及时足额支付劳动报酬。超市不得随意扣除女孩的工资，除非有合法的理由和依据，如女孩给超市造成了经济损失，且该损失与女孩的行为有直接因果关系，同时扣除的金额也应合理。
二、从超市扣款行为角度
扣款的合法性与合理性：
- 超市因女孩喝了几瓶水没结账而扣除其工资，需要证明该行为给超市造成了实际损失，且该损失与女孩的行为有直接因果关系。同时，扣除的金额应合理，不得超过女孩当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 若超市无法证明损失的存在或扣除的金额不合理，那么其扣款行为就可能构成违法。女孩有权要求超市返还被扣除的工资，并可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
超市内部规章制度的效力：
- 即使超市有内部规章制度规定员工不得私自饮用商品，否则将扣除高额工资，该规章制度也可能因违反法律法规的强制性规定而无效。因为法律法规对工资扣除有明确的限制和规定，超市不得通过内部规章制度来规避这些规定。
三、建议与措施
与超市协商：
- 女孩或其家长可以首先与超市进行协商，要求超市说明扣款的依据和理由，并要求返还被不合理扣除的工资。
向劳动行政部门投诉：
- 若协商无果，女孩或其家长可以向当地劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门介入调查并处理。劳动行政部门有权对超市的违法行为进行处罚，并要求超市返还被不合理扣除的工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若劳动行政部门的处理结果不满意，女孩或其家长还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结：不满16岁的女孩在超市上班喝了几瓶水没结账，超市扣好多钱的行为是否违法需根据具体情况判断。但无论如何，超市都无权随意扣除高额工资。若女孩或其家长认为超市的扣款行为违法，可以通过与超市协商、向劳动行政部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。