员工在交通事故中承担次要责任时，工伤赔付的确定需结合工伤保险待遇与交通事故赔偿的双重规则，具体分以下情况处理：

1. 工伤认定与赔偿范围

根据《工伤保险条例》第十四条，员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。即使员工承担次要责任（如30%责任），仍不影响工伤认定，但赔偿范围需区分工伤保险待遇与交通事故赔偿的竞合部分：

• 工伤保险待遇：包括医疗费、住院伙食补助费、停工留薪期工资、护理费、一次性伤残补助金等。若用人单位未依法缴纳工伤保险，由用人单位承担全部赔偿责任。
• 交通事故赔偿：包括医疗费、误工费、残疾赔偿金、精神损害抚慰金等。若对方车辆投保交强险和商业险，由保险公司优先赔付；不足部分由对方按责任比例（如70%）赔偿。

2. 双重赔偿的规则

根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第八条，员工可同时主张工伤保险待遇和交通事故赔偿，但需注意以下限制：

• 医疗费：工伤保险与交通事故赔偿中均包含医疗费的，员工仅能就实际支出部分获得一次赔偿（即“补差原则”），不可重复获赔。
• 误工费与停工留薪期工资：交通事故中的误工费与工伤中的停工留薪期工资性质相同，员工可选择其中较高的一项主张，不可叠加。
• 残疾赔偿金与一次性伤残补助金：两者性质不同，可同时获赔。例如，交通事故中按人身损害标准计算的残疾赔偿金，与工伤中按伤残等级计算的一次性伤残补助金，互不影响。

3. 实务操作建议

• 步骤一：申请工伤认定：员工需在事故发生后1年内向社保部门申请工伤认定，并提交交通事故责任认定书、医疗证明等材料。
• 步骤二：主张交通事故赔偿：向对方车辆保险公司或侵权人索赔，需注意诉讼时效（一般为3年）。
• 步骤三：协调赔偿顺序：若工伤保险基金或用人单位已垫付医疗费，员工需在交通事故赔偿中优先返还；若交通事故赔偿不足，可要求工伤保险补足差额。

4. 特殊情形处理

• 用人单位未缴工伤保险：员工可直接要求用人单位按工伤保险待遇标准赔偿，同时仍可主张交通事故赔偿。
• 第三方逃逸或无力赔偿：若交通事故中对方无法赔偿，员工可申请工伤保险基金先行支付，再由工伤保险基金向第三方追偿。

总结：员工在交通事故中承担次责不影响工伤认定，但需通过“补差原则”避免医疗费、误工费等重复获赔，残疾赔偿金等项目可双重主张。建议员工及时申请工伤认定并同步主张交通事故赔偿，必要时委托律师协助处理赔偿协调与诉讼程序。