核心结论：员工在交通事故中负次要责任时，雇主责任的赔付需根据具体情况分情况讨论，主要涉及工伤保险赔偿和雇主民事赔偿两个层面。以下是具体分析：
- 工伤保险赔偿层面
根据《工伤保险条例》第十四条第六项规定，员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害的，应当认定为工伤。此处“非本人主要责任”包括同等责任、次要责任和无责任三种情形。因此，若员工在交通事故中负次要责任，仍可享受工伤保险待遇，具体包括：
- 医疗费用：符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录的费用由工伤保险基金支付；
- 停工留薪期工资：原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付；
- 伤残补助：根据伤残等级由工伤保险基金支付一次性伤残补助金；
- 其他待遇：如护理费、辅助器具费等按标准赔付。
关键点：工伤保险赔偿与交通事故责任划分无关，只要符合“非本人主要责任”即可申请，且赔偿项目与交通事故赔偿不冲突，可双重获赔（但医疗费用需扣除重复部分）。
- 雇主民事赔偿层面
若雇主对员工受伤存在过错（如未提供安全交通工具、强制要求违规出行等），需根据《民法典》第一千一百九十二条承担相应赔偿责任。但在交通事故中负次要责任的员工，雇主通常无需额外赔偿，除非存在以下情形：
- 雇主明知员工无驾驶资格或车辆存在安全隐患仍安排出行；
- 雇主未履行劳动安全保护义务（如未提供安全培训、防护装备）；
- 员工因执行工作任务受伤，且雇主未投保工伤保险。
例外情形：若员工因执行工作任务（如送货、接送客户）发生交通事故，即使负次要责任，雇主仍需承担工伤保险责任；若雇主未投保工伤保险，则全部赔偿由雇主自行承担。
- 交通事故赔偿与雇主责任的衔接
员工在获得交通事故对方（侵权方）赔偿后，仍可申请工伤保险赔偿，但需注意：
- 医疗费用、康复费用等实际支出项目不可重复获赔；
- 伤残补助、误工费等项目可同时主张，但总额不得超过实际损失。
建议：员工应优先通过交通事故索赔（对方交强险优先赔付），不足部分再申请工伤保险补充；若雇主存在过错，可同步主张民事赔偿。
总结：员工负次要责任时，雇主责任以工伤保险赔偿为主，民事赔偿为辅。具体赔付需结合事故原因、雇主过错、保险情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例处理方案。