结论：封存的档案若涉及违法记录，公司能否查出来需分情况讨论，主要取决于档案封存的性质、查询主体的权限以及查询程序是否合法。以下是具体分析：

1. 档案封存的性质与范围
   档案封存通常指将特定档案（如犯罪记录、处分记录等）从公开查询系统中移除或限制访问，但并非完全“物理销毁”。例如：

   • 刑事犯罪记录封存：根据《刑事诉讼法》第286条，犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的，相关犯罪记录应当封存，非经法定程序不得查询。
     
   • 行政处罚记录封存：部分地区对轻微行政处罚（如交通违章）可申请封存，但需符合地方性法规条件。
     关键点：若违法记录属于法定封存范围，公司通过常规渠道（如背景调查公司、公开数据库）无法查询；但若封存仅是内部管理措施（如公司内部处分记录），则可能仍可查。

2. 公司查询的权限与程序
   公司查询员工违法记录需满足以下条件之一：

   • 法律授权：如金融、教育等行业根据《反洗钱法》《教师法》等要求，可向公安机关申请查询特定岗位人员的犯罪记录。
     
   • 员工授权：若员工在入职时签署授权书，允许公司查询其违法记录，则公司可通过合法途径（如委托律师向公安机关申请）获取信息。
     关键点：未经员工授权或无法律依据，公司擅自查询封存档案可能涉嫌侵犯隐私权或个人信息权，员工可依法维权。

3. 特殊情形下的例外

   • 封存档案被非法泄露：若档案管理部门或第三方机构违规泄露封存信息，公司可能间接获取记录，但员工可追究泄露方责任。
     
   • 封存范围外的记录：如封存仅针对刑事犯罪记录，但员工存在未被封存的行政处罚记录（如治安拘留），公司仍可能查知。
     

建议：

• 若您希望确认个人违法记录是否已被封存，可向作出处罚的机关（如公安局、法院）申请查询封存状态。
  
• 若公司以违法记录为由拒绝录用或解雇，您需核实公司查询程序是否合法，必要时可委托律师介入维权。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。