公职人员上下级非法同居的处罚需分情况讨论，具体如下：
若“非法同居”指有配偶者与他人同居
根据《民法典》第1042条，禁止有配偶者与他人同居。若公职人员（无论上下级）存在此类行为，首先需承担民事责任：配偶可依据《民法典》第1079条起诉离婚，并主张离婚损害赔偿（包括物质及精神赔偿）。
从行政纪律角度，根据《行政机关公务员处分条例》第29条，公职人员有违背社会公序良俗、在公共场所有不当行为造成不良影响等行为的，给予警告、记过或记大过处分；情节较重的，给予降级或撤职处分；情节严重的，给予开除处分。若同居行为被认定为“造成不良影响”（如引发舆论关注、影响单位形象），可能面临上述处分。
若“非法同居”指以夫妻名义共同生活（构成重婚罪）
根据《刑法》第258条，有配偶而重婚，或明知他人有配偶而与之结婚的，处2年以下有期徒刑或拘役。若公职人员（无论上下级）以夫妻名义长期同居（如对外以“夫妻”相称、共同生育子女等），可能构成重婚罪。此时，除刑事责任外，根据《公职人员政务处分法》第14条，公职人员被判处刑罚的，予以开除处分。
上下级关系的特殊性影响
若上下级关系被利用为同居行为的便利条件（如利用职权为对方谋利），可能同时涉及《刑法》中的“利用影响力受贿罪”或《行政机关公务员处分条例》中的“滥用职权”条款。此时需结合具体行为（如是否收受财物、是否影响公正执行公务）进一步定性，处罚可能叠加。
建议：若涉及具体案件，需收集同居证据（如共同居住证明、对外宣称夫妻的证人证言等）、婚姻状况证明（如结婚证）及职权关联证据（如工作往来记录）。处罚需以行政机关或司法机关的调查结论为准，建议及时向单位纪检部门或监察机关反映情况。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体证据收集或程序问题。