在海关案件中，若案件被退侦两次，通常意味着案件在证据收集或法律适用上存在一定问题，需要进一步补充侦查。针对这种情况，可按以下步骤处理：
分析退侦原因：
- 证据不足：退侦最常见的原因是证据不足以支持起诉或定罪。这可能涉及证据的完整性、真实性或合法性等方面的问题。
- 法律适用问题：案件可能涉及复杂的法律适用问题，如法律解释、法律冲突或法律空白等，导致检察机关认为需要进一步澄清或补充。
- 程序性问题：案件在侦查过程中可能存在程序性瑕疵，如取证程序不合法、权利告知不到位等，需要补充侦查以纠正。
补充侦查策略：
- 针对证据不足：侦查机关应重新审视案件证据，确定需要补充的证据类型和来源。这可能包括重新询问证人、调取新的物证或书证、进行鉴定或勘验等。
- 针对法律适用问题：侦查机关应与检察机关密切沟通，明确法律适用的难点和争议点。必要时，可以请教法律专家或上级机关，以确保法律适用的准确性和一致性。
- 针对程序性问题：侦查机关应立即纠正程序性瑕疵，确保所有侦查活动都符合法定程序。这可能包括重新制作法律文书、补正权利告知记录等。
与检察机关的沟通：
- 及时沟通：侦查机关在收到退侦决定后，应立即与检察机关沟通，了解退侦的具体原因和要求。这有助于侦查机关有针对性地开展补充侦查工作。
- 定期汇报：在补充侦查过程中，侦查机关应定期向检察机关汇报进展情况，确保检察机关对案件的动态有全面了解。
- 接受监督：侦查机关应接受检察机关的监督和指导，确保补充侦查工作的合法性和有效性。
考虑案件走向：
- 如果补充侦查后证据充分：案件可能重新进入审查起诉阶段，并最终可能进入审判程序。
- 如果补充侦查后证据仍然不足：检察机关可能作出不起诉决定，或者案件可能继续退回侦查机关补充侦查（但通常受到次数限制，如两次退侦后一般不再退回）。
- 如果涉及法律适用或程序性问题的根本性解决：案件可能因法律适用或程序性问题的解决而得以顺利推进，或者因问题无法解决而面临其他法律后果（如撤销案件等）。
法律后果与应对：
- 对于侦查机关：应认真对待退侦决定，积极开展补充侦查工作，确保案件质量。如果因补充侦查不力导致案件无法顺利推进，可能面临内部考核或纪律处分等后果。
- 对于当事人：应关注案件进展，及时与侦查机关或检察机关沟通，了解自己的权利和义务。如果认为自己的权益受到侵害，可以依法提出申诉或控告。