结论：在公司清算过程中，债权人既可以选择申报债权，也可以在特定情况下选择起诉，具体取决于清算的阶段、清算程序的合法性以及债权人的具体诉求。以下是对此问题的详细分析：
一、清算阶段与债权申报
在公司进入清算程序后，债权人首先应当按照法定程序向清算组申报债权。这是债权人参与清算程序、主张债权的基本方式。债权申报是清算程序的重要环节，它有助于清算组全面了解公司的债务情况，从而制定合理的清算方案。
二、可以起诉的情形
尽管债权申报是清算程序中的常规做法，但在某些特定情况下，债权人仍然有权选择起诉：
对债权有争议：
- 如果债权人对清算组核定的债权数额、性质等存在异议，有权在接到清算组关于债权确认的通知后，向人民法院提起诉讼。例如，清算组可能将原本包含利息的债权仅认定为本金，债权人对此不服即可提起诉讼，请求法院对债权的存在、数额及性质进行审理和判定。
清算组未依法履职：
- 当清算组存在故意或重大过失，如不按照法定程序处理债权申报、故意隐匿或转移公司财产、对资产估价不实等损害债权人利益的行为时，债权人可以起诉清算组成员，要求其承担相应的赔偿责任。
清算方案未获确认或执行不当：
- 清算组在制定清算方案后，应报股东会、股东大会或人民法院确认。如果清算方案未获确认或执行过程中存在不当行为，影响债权人权益的，债权人同样可以通过司法程序维护自己的权益。
公司清算后但未注销，且存在违法违规行为：
- 在公司清算之后、注销之前，如果清算过程中存在违法违规行为（如未依法通知债权人申报债权、私分公司财产等），损害了债权人的利益，债权人可以向法院起诉特定的主体，这些主体可能包括清算组、公司股东或其他相关责任人。
公司清算后已经注销，但存在特殊情形：
- 在公司清算后已经注销的情况下，由于法律上公司已经不存在，债权人无法对公司本身提起诉讼。但是，如果公司在注销过程中存在未依法清算、恶意注销逃避债务等违法情形，导致债权人权益受损，债权人在一定期限内（如公司注销后三年内，具体期限可能因地区法律法规而异）仍可以向相关责任主体（如清算组成员、公司股东等）主张权利，要求其承担相应责任。
三、起诉与债权申报的关系
- 债权申报并不排除起诉权利：向公司自行清算组申报债权并不必然排除债权人起诉的权利。债权人在遇到债权争议或清算组未依法履职等情况时，可以根据实际情况选择通过司法程序来维护自己的合法权益。
- 起诉可能受清算程序阶段影响：如果公司自行清算过程中发现资不抵债，依法转入破产清算程序，此时债权人需遵循破产程序的相关规定。对于债权的争议，通常应在破产程序框架内通过特定的债权确认等程序解决，起诉可能会受到一定限制。
四、法律建议
- 仔细审查清算过程：债权人在决定是否起诉前，应仔细审查清算过程是否合法、公正，以及是否存在未清偿的债务等因素。这是确保诉讼成功的重要前提。
- 明确被告主体和证据材料：债权人在起诉时，应明确被告主体（如清算组、公司股东、保证人或其他连带责任人等），并提供充分的证据材料以支持其诉讼请求。这有助于确保诉讼的顺利进行和胜诉的可能性。
- 遵循法律程序：债权人应严格遵循法律程序进行诉讼，包括但不限于提交起诉状、参与庭审、提供证据等。只有遵循法定程序，才能确保诉讼的有效性和合法性。
综上所述，在公司清算过程中，债权人既可以选择申报债权，也可以在特定情况下选择起诉。具体选择哪种方式取决于清算的阶段、清算程序的合法性以及债权人的具体诉求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。