结论：工厂不可以因为四月份员工自离且工资不够赔偿损失，就扣三月份的工资。
法律背景与解释：
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，工厂必须按时足额支付员工每个月的工资，不能因为后续的问题而扣减之前已经发放的工资。
赔偿与工资扣减的关系：
- 如果员工在四月份自离，并且给工厂造成了损失，工厂确实有权要求员工进行赔偿。但是，这种赔偿应当通过合法的途径进行，比如与员工协商、通过劳动仲裁或者诉讼等方式解决，而不能直接扣减员工之前的工资。
工厂的合法维权方式：
- 工厂如果认为员工自离造成了损失，并且希望获得赔偿，应当首先与员工进行协商，尝试达成赔偿协议。
- 如果协商不成，工厂可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求员工赔偿损失。
- 如果对劳动仲裁结果不满，工厂还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于工厂而言，应当严格遵守工资支付的相关规定，不得随意扣减员工的工资。如果员工自离造成了损失，应当通过合法途径来寻求赔偿。
- 对于员工而言，如果工厂试图扣减之前的工资作为赔偿，员工有权拒绝，并可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果工厂违反规定扣减员工工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 员工也有权通过法律途径来追讨被扣减的工资，并可能要求工厂支付相应的经济补偿或赔偿金。
综上所述，工厂不可以因为四月份员工自离且工资不够赔偿损失就扣三月份的工资。工厂应当通过合法途径来寻求赔偿，并严格遵守工资支付的相关规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。