针对您提出的“先行登记保存的卷烟未移交有关部门怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律法规及实践操作给出的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《烟草专卖行政处罚程序规定》第三十三条的规定，对于依法先行登记保存的证据（包括卷烟），烟草专卖行政主管部门应当在七日内根据具体情况采取相应措施。这些措施包括但不限于：
证据保全措施：烟草专卖行政主管部门会及时采取复制、拍照、录像等方式，对先行登记保存的卷烟进行证据保全，以确保其原始状态和证据价值不受损害。
鉴定处理：如果需要对卷烟进行真伪、质量等方面的鉴定，烟草专卖行政主管部门会及时将其送交有关机构进行鉴定，并告知当事人鉴定所需的时间。
移送处理：如果依法应当将先行登记保存的卷烟移送其他有关部门处理（例如，如果卷烟涉及走私、假冒伪劣等违法行为，可能需要移送海关、市场监管等部门），烟草专卖行政主管部门会作出移送决定，并书面告知当事人。这是您问题中的关键点，如果卷烟未移交有关部门，但根据法律规定应当移交，那么烟草专卖行政主管部门应当尽快完成移交手续，并确保移交过程的合法性和规范性。
解除保存措施：如果违法事实不成立或者违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，烟草专卖行政主管部门会决定解除先行登记保存措施，并告知当事人。
针对您提到的“未移交有关部门”的情况，如果烟草专卖行政主管部门在七日内未作出移送决定，或者未按照法律规定将卷烟移交至相关部门，这可能涉及到行政程序的违法或不当。在这种情况下，您可以：
与烟草专卖行政主管部门沟通：了解未移交的具体原因，并要求其尽快按照法律规定进行处理。
寻求法律援助：如果您认为烟草专卖行政主管部门的行为侵犯了您的合法权益，您可以咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的救济途径。
向上级部门投诉：如果您对烟草专卖行政主管部门的处理结果不满意，您可以向其上级部门或相关监管机构进行投诉，要求其对处理过程进行监督和纠正。
总之，先行登记保存的卷烟如果依法应当移交其他有关部门处理，烟草专卖行政主管部门应当尽快完成移交手续。如果未按照法律规定进行处理，您有权通过沟通、法律援助或投诉等方式维护自己的合法权益。希望以上解答能够对您有所帮助。