在解答您关于“材料结清证明盖合同章还是公章”的问题时，我们首先要明确公司印章的种类及其各自的使用范围。

公司印章主要分为公章、财务专用章、合同专用章、法定代表人章和发票专用章。其中，公章是法人权利的象征，具有最广的使用范围。在现行的立法和司法实践中，审查是否盖有法人公章成为判断民事活动是否成立和生效的重要标准。公章可以代表法人意志，对外签订合同及其他法律文件，具有极高的法律效力。凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料，均可使用公章。

而合同专用章，顾名思义，通常在公司签订合同时需要加盖。它主要用于合同签订过程中的具体事务，表明公司对合同内容的认可和承诺。

针对您提到的“材料结清证明”，这通常是一种证明公司之间或公司与个人之间某种材料或款项已经结清的文件。由于这种证明文件往往涉及到公司对外事务的处理，且需要具有较高的法律效力，因此，在这种情况下，使用公章是更为合适的选择。公章的使用能够确保证明文件的正式性和权威性，也更易于被外部机构或个人所接受和认可。

当然，如果公司有特定的内部规定或合同中有明确的约定，要求使用合同专用章或其他印章来加盖材料结清证明，那么也应遵循这些规定或约定。但在没有特定规定或约定的情况下，使用公章是更为稳妥和普遍的做法。

综上所述，对于“材料结清证明盖合同章还是公章”的问题，我的建议是：在一般情况下，使用公章来加盖材料结清证明是更为合适的选择。