针对您提出的“公司员工自动离职需要哪些手续”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，员工自动离职并不意味着劳动合同自动解除。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除需要遵循一定的法律程序和条件，不存在所谓的“自动解除”。员工自动离职后，劳动合同实际上仍然处于存续状态，需要用人单位履行相应的解除程序。
自动离职的定义与性质
自动离职通常指的是劳动者在终止劳动关系时，未履行解除手续或解除手续未办理完毕就擅自离开单位的行为。这种行为可能因多种原因发生，如个人原因不辞而别、无故旷工达到一定期限、出国逾期未归等。自动离职区别于劳动者单方解除劳动合同、用人单位解除劳动合同以及双方协商一致解除劳动合同，它并不必然产生法律效果，且在不符合法定情形下，可能被视为劳动者违法解除劳动合同的行为。
自动离职后需要办理的手续
用人单位的确认与举证：
- 用人单位需要确认员工确实存在自动离职的行为，这通常通过考勤记录、工作交接情况、同事证言等方式进行举证。
- 用人单位应就其有关职工“自动离职”的主张承担举证责任，以证明员工未按规定履行请假手续而擅自离岗且无正当理由。
解除劳动合同的程序：
- 用人单位在确认员工自动离职后，应依据本单位劳动规章制度单方解除劳动合同。这要求用人单位的规章制度必须经过民主制定程序，并已公示或告知劳动者。
- 解除劳动合同的决定应当告知工会（如有），并送达至劳动者本人。这通常通过书面通知、公告等方式进行。
办理离职手续：
- 尽管员工自动离职，但用人单位仍应要求其办理离职手续，如工作交接、归还公司财物、结清工资等。
- 如果员工拒绝办理离职手续，用人单位可以通过法律途径追究其责任，并要求其赔偿因自动离职给公司造成的损失。
开具离职证明：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明。
- 即使员工自动离职，用人单位也有义务为其开具离职证明，以证明其与公司之间的劳动关系已经解除。
特殊情况下的处理
- 如果员工自动离职是因为用人单位存在违法行为（如以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动，或者违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全等），则员工有权依据《劳动合同法》第三十八条的规定立即解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
- 在某些特殊情况下（如员工因家庭变故、生活环境改变等个人原因自动离职），用人单位可以根据实际情况与员工协商解决离职事宜，包括是否支付经济补偿等。
总结与建议
员工自动离职是一个复杂且敏感的问题，需要用人单位谨慎处理。建议用人单位在确认员工自动离职后，及时履行解除劳动合同的程序，并要求员工办理离职手续。同时，用人单位也应加强内部管理，完善规章制度，以减少员工自动离职的发生。如果员工自动离职给公司造成了损失，用人单位可以通过法律途径追究其责任。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。