结论：法院一般不会直接判决强制火化遗体，但在特定情况下，可能会通过其他方式间接推动火化进程。
分析：
法律原则与规定：
- 在我国，遗体的处理主要遵循的是尊重死者意愿、家属协商以及符合公序良俗的原则。法律并未明确规定法院可以直接判决强制火化遗体。
- 遗体的火化通常是由家属根据当地的风俗习惯、宗教信仰以及个人意愿来决定的。如果家属之间存在争议，一般会通过协商、调解或者诉讼等方式来解决，但诉讼的焦点往往是关于遗体处理的权利归属或者遗产分配等问题，而非直接判决火化。
特殊情况下的处理：
- 如果遗体长时间存放在殡仪馆，且家属之间无法就火化问题达成一致，殡仪馆可能会根据相关规定，向相关部门报告并寻求指导。在某些情况下，如果遗体存放时间过长，可能会对公共卫生造成影响，此时相关部门可能会介入，但通常也是通过协调家属、提供法律咨询等方式来推动问题的解决，而非直接强制火化。
- 如果存在特殊情况，如遗体涉及刑事案件、传染病等，相关部门可能会根据法律法规的规定，采取必要的措施，包括强制火化等。但这种情况下的强制火化是基于公共安全或公共卫生考虑，而非单纯的家庭纠纷。
诉讼中的可能情况：
- 如果妹妹将遗体存放在殡仪馆不火化的行为，侵犯了其他家属的合法权益（如影响了其他家属对遗体的处理意愿、造成了经济损失等），其他家属可以向法院提起诉讼，要求妹妹停止侵权行为并承担相应的法律责任。但法院在判决时，通常会考虑双方的权益平衡，以及如何通过调解或判决来促使双方达成一致意见，而非直接判决强制火化。
- 在诉讼过程中，法院可能会建议或要求双方进行调解，以达成关于遗体处理的协议。如果调解成功，双方可以按照协议来处理遗体；如果调解失败，法院可能会根据案件的具体情况，作出相应的判决，但判决内容通常不会直接涉及强制火化。
建议：
- 如果家属之间就遗体火化问题存在争议，建议首先通过协商、调解等方式来解决。可以邀请亲友、社区工作人员或者专业调解机构参与调解，以促成双方达成一致意见。
- 如果协商、调解无果，可以考虑向法院提起诉讼。但在诉讼前，建议咨询专业律师，了解相关法律法规和诉讼程序，以便更好地维护自己的合法权益。
- 在处理遗体问题时，应尊重死者的意愿和家属的感受，遵循公序良俗和法律法规的规定，以和平、理性的方式解决问题。
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