针对“企业超占土地怎么处理”这一问题，我们需要从合法占用与非法占用两个角度来详细分析，并提供相应的处理建议。
一、合法占用土地的情况
如果企业超占土地是基于合法审批程序，即已经按照《土地管理法》等相关法规，获得了相应级别的政府土地行政主管部门的批准，并给予了农民合理补偿，那么这种情况下的超占属于合法占用。但即便如此，企业也需确保超占部分同样符合用地规划，且已履行了所有必要的审批手续。
处理建议：
- 核查审批文件：企业应仔细核查所有相关的审批文件，确保超占部分已获得合法批准。
- 完善合同手续：与农民或土地所有者签订明确的土地使用合同或租赁合同，详细约定超占部分的使用范围、期限、用途、租金支付方式及标准等。
- 遵守用地规划：确保超占部分的使用符合当地土地利用总体规划和城乡规划，不擅自改变土地用途。
二、非法占用土地的情况
如果企业超占土地未经合法审批程序，即擅自占用了农民或集体的土地，那么这种情况下的超占属于非法占用，需要承担相应的法律责任。
处理建议：
- 立即停止侵权：企业应立即停止对超占土地的非法使用，避免进一步扩大损失和法律责任。
- 与农民协商：尝试与农民或土地所有者进行协商，寻求和解方案，如退还土地、支付赔偿金等。
- 接受行政处罚：如果协商无果，企业应积极配合县级以上人民政府土地行政主管部门的调查和处理，接受可能的行政处罚，如责令退还土地、限期拆除建筑物、罚款等。
- 承担刑事责任：如果非法占用土地的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，企业及相关责任人员将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
- 法律途径维权：在协商和行政处理过程中，如果企业认为自身权益受到侵害，可以通过法律途径进行维权，如提起行政诉讼或民事诉讼等。
三、综合建议
- 加强法律法规学习：企业应加强对土地管理相关法律法规的学习，确保在用地过程中严格遵守法律规定，避免非法占用土地的行为发生。
- 完善内部管理机制：建立健全企业内部用地管理机制，明确用地审批、合同签订、用地监管等环节的责任和流程，确保用地行为的合法性和规范性。
- 积极履行社会责任：企业在用地过程中应积极履行社会责任，尊重农民和集体的权益，与当地政府和社区保持良好的沟通和合作，共同推动土地资源的合理利用和保护。
总之，企业超占土地的处理需要根据具体情况来具体分析，无论是合法占用还是非法占用，都需要企业积极面对并采取相应的措施来解决问题。