土地承包经营权证如果违反法律程序颁发，那么该证书是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：

一、法律程序的重要性

在土地承包经营权证的颁发过程中，法律程序是确保权益合法、公正、透明的重要保障。如果颁发过程违反了法定程序，比如未经合法审批、未进行公示、未听取相关利害关系人的意见等，那么该证书的合法性就会受到质疑。

二、违反法律程序的具体情形

1. 未经合法审批：土地承包经营权证的颁发需要经过相关部门的合法审批。如果未经审批或者审批程序不合法，那么颁发的证书就是无效的。
2. 未进行公示：在颁发土地承包经营权证前，通常需要进行公示，以听取相关利害关系人的意见。如果未进行公示或者公示程序不合法，那么可能会损害相关利害关系人的合法权益，导致证书无效。
3. 未听取相关利害关系人的意见：在颁发土地承包经营权证的过程中，需要听取相关利害关系人的意见，确保他们的合法权益不受侵害。如果未听取意见或者未充分考虑他们的意见，那么证书的合法性也会受到影响。

三、违反法律程序的法律后果

1. 证书无效：如果土地承包经营权证的颁发违反了法律程序，那么该证书是无效的。这意味着证书所确认的土地承包经营权不受法律保护，相关利害关系人可以依法申请撤销该证书。
2. 行政责任：对于违反法律程序颁发土地承包经营权证的相关部门或工作人员，可能会承担行政责任，如被警告、记过、降级、撤职等。
3. 民事责任：如果因违反法律程序颁发土地承包经营权证而损害了相关利害关系人的合法权益，那么相关部门或工作人员还可能需要承担民事责任，如赔偿损失等。

四、建议与措施

1. 核实证书颁发程序：如果怀疑土地承包经营权证的颁发违反了法律程序，可以首先核实证书的颁发程序是否合法。这包括查阅相关审批文件、公示记录、听取意见记录等。
2. 依法申请撤销或复议：如果发现证书颁发程序确实违法，可以依法向相关部门申请撤销该证书或者提起行政复议。在申请撤销或复议时，需要提供充分的证据证明证书颁发程序违法。
3. 寻求法律援助：如果因证书颁发程序违法而遭受了损失，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

如果您在土地承包经营权证方面遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。