退休公务员持有有限公司干股的处理需结合其是否违反公务员法及相关纪律规定进行综合判断，具体分情况如下：

1. 若退休公务员在在职期间或退休后一定期限内（通常为三年，具体以地方规定为准）持有干股，且该干股与其原职务存在关联或可能利用原职务影响力获取利益，则可能涉嫌违反公务员法及廉洁纪律
   根据《中华人民共和国公务员法》第一百零七条，公务员离岗离职后不得违反规定接受原任职务管辖的地区和业务范围内的企业和中介机构的聘任，或从事与原任职务管辖业务相关的营利性活动。若退休公务员持有的干股属于“利用原职务影响力获取”或“与原职务管辖业务相关”，则可能被认定为违规，需承担行政责任（如警告、记过、开除等）或纪律处分，且需退还违规所得。

2. 若退休公务员持有干股的行为完全独立于其原职务，且未利用原职务影响力，则需进一步审查干股的合法性及税务合规性

   • 合法性审查：需确认干股的取得是否符合《公司法》及公司章程规定（如是否经股东会决议、是否完成工商登记等）。若干股未依法登记或存在代持、隐名股东等情形，可能面临股权归属争议或被认定为无效。
     
   • 税务合规性：干股分红属于“利息、股息、红利所得”，需按20%税率缴纳个人所得税。若未依法申报纳税，可能面临税务行政处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款），情节严重者可能构成逃税罪。

3. 若退休公务员持有干股的公司涉及利益冲突（如与原工作单位存在业务往来），则需主动申报并回避
   根据《公务员法》及相关纪律规定，公务员退休后仍需遵守“利益冲突回避”原则。若持有的干股公司与其原工作单位存在业务竞争、合作或监管关系，退休公务员需主动向原单位或纪检监察部门申报，并避免参与相关决策或活动，否则可能被追究责任。

建议行动步骤：

1. 立即审查干股的取得方式、资金来源及与原职务的关联性，确认是否存在违规情形；
   
2. 若存在违规，尽快退还干股或分红，并向原单位或纪检监察部门主动说明情况；
   
3. 咨询专业律师或税务师，完善干股的合法性手续（如补签协议、完成工商登记）并依法纳税；
   
4. 若涉及利益冲突，主动申报并回避相关活动，避免进一步风险。
   

如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。