关于工厂罚款员工两千块钱是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，我们要明确一个基本原则：在我国，罚款是行政处罚的一种形式，通常仅由具有行政处罚权的行政机关依法定程序和权限作出。企业，作为民事主体，并不具备对员工进行罚款的法定权力。

现在，我们针对这个问题进行详细分析：

1. 企业无普遍罚款权：

   • 工厂直接对员工罚款两千元，如果没有合法的依据，如劳动合同中的明确约定或经过民主程序制定的规章制度，并且这些规定不违反法律法规，那么这种罚款行为很可能是不合法的。

2. 特殊情形下的合法性判断：

   • 劳动合同或规章制度：如果工厂的规章制度经过民主程序制定（如经职工代表大会讨论通过），内容合法合理，并已向员工公示，同时明确规定了违规行为及对应的处理措施（如扣除奖金、绩效等，但并非直接罚款），且这些处理措施与员工的违规行为相匹配，不显失公平，那么在某些情况下，工厂可能依据这些制度对员工进行经济处理。但即便如此，两千元的罚款金额也可能因过高而被视为不合法，除非能证明这一金额与员工的违规行为造成的实际损失相当。
   • 经济损失赔偿：如果员工因工作失误或失职给工厂造成经济损失，工厂可以要求员工进行赔偿。但赔偿金额应基于实际损失计算，不能随意设定。如果工厂将赔偿金额设定为两千元，必须能够证明这一金额与员工的违规行为造成的实际损失相符。

3. 员工权益保护：

   • 如果员工认为工厂的罚款行为不合法或不公平，首先可以尝试与工厂进行协商解决。
   • 如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 在维权过程中，员工应了解相关法律法规和工厂的规章制度，以便更好地维护自己的权益。

结论：工厂罚款员工两千块钱是否合法，取决于罚款的原因、是否有合法的依据及证据支持，以及罚款数额是否符合法律规定。在没有合法依据或违反相关规定的情况下，这种罚款行为很可能是不合法的。员工在面对此类问题时，应保持冷静并理性分析，必要时寻求专业法律帮助以维护自身权益。