针对集体土地上的房屋违法转让问题，主要由自然资源主管部门和农业农村主管部门负责管理，具体职责划分及处理流程如下：

一、核心管理部门及职责

1. 自然资源主管部门

   • 土地转让审批与监管：自然资源主管部门（原国土资源管理部门）是土地转让管理的核心部门，负责审查土地转让的合法性，包括土地权属、面积、界址以及转让是否符合土地利用总体规划和城乡规划等。对于集体土地上的房屋违法转让，自然资源主管部门有权进行查处，并责令停止违法行为。
   • 地籍管理与变更登记：在土地转让过程中，自然资源主管部门还负责办理土地权属变更登记手续，确保土地产权清晰。若发现违法转让行为，将不予办理变更登记，并依法进行处罚。

2. 农业农村主管部门

   • 农村集体土地管理：农业农村主管部门负责指导和管理农村集体土地承包经营权流转，包括房屋所在的集体土地。对于违法转让集体土地上的房屋，农业农村主管部门有权进行制止，并指导农村集体经济组织或村民委员会采取措施纠正。
   • 纠纷调解与仲裁：在农村土地承包经营权流转过程中发生的纠纷，农业农村主管部门负责调解和仲裁，维护农民合法权益和农村社会稳定。

二、违法转让的处理流程

1. 发现与举报：违法转让行为可能由自然资源主管部门、农业农村主管部门在监管过程中发现，也可能由村民或其他相关方举报。
2. 调查与取证：相关部门在接到举报或发现违法转让行为后，将展开调查，收集证据，包括土地权属证明、转让合同、交易记录等。
3. 责令停止与处罚：根据调查结果，相关部门将责令违法转让方停止违法行为，并依法进行处罚。处罚措施可能包括罚款、没收违法所得、责令恢复原状等。
4. 纠纷调解与仲裁：若违法转让行为引发纠纷，相关部门将组织调解或仲裁，协助双方达成和解或作出裁决。

三、特殊情况说明

• 集体土地转为国有土地：若集体土地上的房屋违法转让涉及将集体土地转为国有土地，则还需经过政府批准，并涉及征收、补偿等相关事宜。在此情况下，自然资源主管部门和农业农村主管部门将协同工作，确保征收和补偿的合法性和公正性。
• 涉及刑事犯罪：若违法转让行为情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。此时，案件将移送司法机关处理，相关部门将配合司法机关进行调查和取证。

四、法律建议

• 遵守法律法规：集体土地上的房屋转让必须严格遵守相关法律法规，确保转让的合法性和有效性。
• 咨询相关部门：在进行房屋转让前，建议咨询自然资源主管部门和农业农村主管部门，了解转让的具体要求和流程。
• 谨慎签订合同：签订转让合同时，应明确双方的权利义务，避免模糊条款和歧义，以减少纠纷的发生。

若您遇到集体土地上的房屋违法转让问题，建议首先向自然资源主管部门或农业农村主管部门举报，并配合相关部门的调查和处理工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。