结论：员工在签署协商解除劳动合同协议后，仍然有可能申请劳动仲裁，但具体能否获得支持需根据协议内容、解除原因及是否存在违法情形等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 协商解除协议的效力

根据《劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致可以解除劳动合同。若双方签署的解除协议系真实意思表示（无欺诈、胁迫、乘人之危等情形），且内容不违反法律强制性规定（如未约定违法条款），则协议具有法律效力，双方应按约定履行。

例外情形：若协议存在重大误解、显失公平（如补偿金远低于法定标准）或用人单位存在违法行为（如未支付工资、未缴社保等），劳动者可主张撤销协议或要求补足差额，并通过仲裁维权。

2. 可申请仲裁的常见情形

即使签署了协商解除协议，劳动者仍可能因以下事由申请仲裁：

• 用人单位未履行协议义务：如未支付经济补偿、未出具离职证明等。
• 协议内容违法：如约定“劳动者放弃所有权利”或排除法定补偿，可能被认定无效。
• 存在未了结的劳动争议：如工伤赔偿、加班费、未休年假工资等未在协议中明确处理。
• 用人单位存在欺诈、胁迫：如以威胁辞退迫使劳动者签署协议。

示例：若协议约定用人单位支付经济补偿2万元，但实际未支付，劳动者可申请仲裁要求支付补偿及违约金（如有约定）。

3. 仲裁时效与证据要求

• 时效：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
• 证据：劳动者需提供协议原件、用人单位未履行的证据（如银行流水、沟通记录等）或协议存在违法情形的证明（如录音、书面材料等）。

4. 法律建议

1. 签署协议前：劳动者应仔细阅读条款，明确补偿标准、支付时间及放弃的权利范围，必要时咨询律师。
2. 签署协议后：若发现用人单位未履行义务或协议存在违法情形，应及时收集证据并申请仲裁，避免超过时效。
3. 用人单位角度：应确保协议内容合法、补偿到位，并留存履行义务的证据（如转账记录、签字确认单等），以降低败诉风险。

总结：协商解除劳动合同后，劳动者并非完全丧失仲裁权利，但能否胜诉需结合协议效力、用人单位行为及证据情况综合判断。如有具体争议，建议直接向我咨询，我会根据案情提供详细分析。