非机动车非法营运的查处部门主要是城市管理综合行政执法部门（城管部门）以及交通运输管理部门，具体职责划分可能因地区而异。以下从不同角度为您详细分析：

1. 城市管理综合行政执法部门（城管部门）：

   • 在许多地区，城管部门负责查处非机动车（如电动自行车、三轮车等）的非法营运行为。这是因为非机动车非法营运往往涉及占道经营、影响市容市貌等问题，属于城管部门的执法范畴。
   • 城管部门在查处时，通常会依据地方性法规或规章，对非法营运的非机动车进行扣押、罚款等处罚。

2. 交通运输管理部门：

   • 在某些地区，交通运输管理部门也可能负责查处非机动车的非法营运行为，特别是当这种行为涉及到道路运输安全、扰乱运输市场秩序等问题时。
   • 交通运输管理部门在查处时，会依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，对非法营运的非机动车进行处罚，包括罚款、没收违法所得等。

3. 地区差异与联合执法：

   • 需要注意的是，不同地区对于非机动车非法营运的查处部门可能有所不同。有些地区可能由城管部门单独负责，有些地区则可能由交通运输管理部门单独负责，还有些地区可能实行联合执法机制，由多个部门共同参与查处。
   • 因此，在具体情况下，您需要了解当地的相关规定和执法实践，以确定具体的查处部门。

法律建议：

• 如果您发现非机动车非法营运行为，可以向当地的城管部门或交通运输管理部门举报。
• 在举报时，请尽量提供详细的违法信息，如违法时间、地点、车辆特征等，以便执法部门能够迅速准确地查处违法行为。
• 同时，也请您注意自身安全，避免在举报过程中与违法者发生冲突。

可能后果：

• 对于非法营运的非机动车车主，一旦被查处，将面临罚款、扣押车辆等处罚。
• 如果非法营运行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

如果您在非机动车非法营运方面遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。