合同只有一份在甲方手里，这一行为本身并不直接违法，但其合法性及潜在风险需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：

1. 合同份数与合法性：

   • 合同的合法性并不取决于其份数。一份合同，无论是一式一份还是一式多份，只要其内容合法、双方意思表示真实且不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
   • 然而，从实务操作的角度看，合同通常建议一式多份，以便双方各执一份，作为交易和履行的凭证。这有助于减少争议和纠纷，因为双方都能持有合同的原件。

2. 单份合同的风险：

   • 证据风险：如果合同只有一份且在甲方手里，乙方在后续履行或争议解决中可能面临证据不足的风险。因为乙方无法直接提供合同原件作为证据，而只能依赖甲方的提供或通过其他方式证明合同内容。
   • 信任风险：单份合同可能加剧双方之间的不信任。乙方可能会担心甲方篡改合同内容或拒绝提供合同原件，从而损害乙方的权益。
   • 履行风险：在合同履行过程中，如果双方对合同条款的理解存在分歧，且无法直接查阅合同原件，可能导致履行障碍或争议。

3. 应对措施与建议：

   • 要求复制或留存副本：乙方可以要求甲方提供合同的复印件或电子版，并妥善保存。虽然复印件或电子版的法律效力可能略低于原件，但在没有相反证据的情况下，仍可以作为证明合同内容的依据。
   • 补充签订协议：如果可能的话，双方可以协商补充签订一份协议，明确双方各执一份合同原件，以减少后续风险。
   • 注意收集其他证据：在合同履行过程中，乙方应注意收集与合同相关的其他证据，如交易记录、通信记录等，以便在争议解决中提供支持。
   • 法律途径：如果甲方拒绝提供合同原件或存在其他违约行为，乙方可以通过法律途径维护自己的权益，如起诉要求甲方履行合同义务或承担违约责任。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果合同涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等敏感信息，双方可能出于保密考虑而选择只签订一份合同并由一方保管。在这种情况下，双方应明确保密义务和违约责任，以确保合同的安全性和保密性。

总结来说，合同只有一份在甲方手里并不直接违法，但可能带来证据风险、信任风险和履行风险。乙方应采取相应措施降低这些风险，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。如果你在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。