结论：违法建筑二手房被法院判决给付房款是否合法，需根据具体情况判断。若法院在判决中已充分考虑违法建筑的性质及交易风险，并基于合同效力、过错责任等因素作出合理裁决，则判决给付房款可能是合法的；反之，若判决未遵循相关法律规定或忽视了违法建筑的特殊性，则可能不合法。以下从多个角度进行详细分析：
一、违法建筑的定义与性质
违法建筑，通常指的是未经规划、建设等部门批准，擅自搭建的建筑物或构筑物。这类建筑由于缺乏合法的建设手续，其产权不受法律保护，且可能面临被拆除、没收等风险。在二手房交易中，违法建筑因其产权瑕疵，往往成为纠纷的焦点。
二、法院判决给付房款的合法性分析
合同效力角度：
- 若买卖双方签订的购房合同中明确约定了房屋的性质（包括是否为违法建筑），且双方均知晓并接受这一事实，那么合同在双方之间可能具有相对效力。但需注意，违法建筑的买卖合同可能因违反法律强制性规定（如《城乡规划法》等）而被认定为无效或部分无效。
- 若合同被认定为无效，根据《民法典》的相关规定，因合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。因此，在这种情况下，法院判决给付房款可能基于过错责任原则，要求买方支付部分或全部房款作为对卖方的补偿。
过错责任角度：
- 在违法建筑二手房交易中，买卖双方往往都存在一定的过错。卖方明知房屋为违法建筑仍进行出售，存在明显过错；买方在明知或应知房屋性质的情况下仍选择购买，也存在一定过错。
- 法院在判决时，会综合考虑双方的过错程度、交易过程中的实际情况以及可能产生的法律后果等因素，来判定买方是否需要支付房款以及支付多少房款。
特殊情况处理：
- 若违法建筑在交易后已被相关部门依法拆除或没收，导致买方无法实际取得房屋所有权，那么买方可能无需支付房款或仅需支付部分房款作为对卖方的补偿。
- 若卖方在交易过程中存在欺诈行为（如故意隐瞒房屋为违法建筑的事实），那么买方有权要求撤销合同并要求卖方返还已支付的房款及赔偿损失。
三、法律建议
对于买方：
- 在购买二手房前，务必对房屋的性质进行充分了解，包括是否为违法建筑、是否存在产权纠纷等。
- 若发现房屋为违法建筑或存在其他产权瑕疵，应谨慎考虑是否继续购买，并咨询专业律师的意见。
- 若已购买违法建筑二手房并面临纠纷，应及时收集相关证据（如购房合同、付款凭证、房屋现状照片等），并向法院提起诉讼或申请仲裁以维护自身权益。
对于卖方：
- 应如实告知买方房屋的性质及可能存在的风险，避免隐瞒或欺诈行为。
- 若房屋为违法建筑且无法办理合法产权手续，应谨慎考虑是否出售，并咨询专业律师的意见以规避法律风险。
最后，违法建筑二手房交易涉及复杂的法律问题，且每个案件的具体情况都有所不同。因此，在面临此类纠纷时，建议直接向我咨询以获取更具体、更专业的法律建议。