虚开小规模专用发票40万属于违法行为，可能面临行政处罚甚至刑事处罚，具体处理方式需结合案件细节及法律规定综合判断。以下从行政责任、刑事责任、处理建议三个角度展开分析：

一、行政责任：税务机关的处罚

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己或介绍他人虚开）的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款。
本案中虚开金额40万，已远超1万元标准，税务机关可对直接责任人或单位处5万-50万元罚款，并没收违法所得。若存在其他违法行为（如偷逃税款），还可能被追缴税款、滞纳金，并处不缴或少缴税款50%至5倍的罚款。

二、刑事责任：是否构成犯罪需结合主观故意与情节

根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，虚开税款数额10万元以上或造成国家税款损失5万元以上的，即构成虚开增值税专用发票罪，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；虚开税款数额50万元以上或造成国家税款损失30万元以上的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
本案中虚开金额40万，需进一步明确是否涉及“税款数额”：

1. 若40万为不含税销售额：需根据税率（如小规模纳税人增值税征收率通常为1%或3%）计算实际虚开税款数额。例如，若税率为3%，则虚开税款=40万×3%=1.2万，未达10万元刑事立案标准，仅承担行政责任；
   
2. 若40万为含税销售额：需先换算为不含税销售额（如税率为3%，则不含税销售额=40万÷1.03≈38.83万），再计算税款（38.83万×3%≈1.16万），同样未达刑事标准；
   
3. 若存在其他情节：如多次虚开、造成国家税款损失（如受票方用虚开发票抵扣税款）、利用虚开发票骗取财政补贴等，即使税款数额未达标准，也可能因“情节严重”被追究刑事责任。

三、处理建议：主动配合调查，争取从宽处理

1. 立即停止违法行为：若虚开行为仍在持续，应立即停止并销毁虚假发票，避免损失扩大；
   
2. 主动向税务机关坦白：在税务机关未立案前主动交代虚开事实、补缴税款及滞纳金，可能被认定为“自首”或“主动消除危害后果”，从而减轻行政处罚；
   
3. 收集证据证明无主观故意：若虚开行为系被欺骗或胁迫（如被上游企业诱导），需保留聊天记录、转账记录等证据，证明自身无骗税目的，可能避免刑事追责；
   
4. 咨询专业律师：虚开发票案件涉及税务、刑事交叉领域，需律师协助分析税款计算、证据固定、与司法机关沟通等关键环节，最大限度维护权益。

最后提醒：虚开发票不仅破坏税收秩序，更可能让个人或企业承担严重法律后果。若您或您的企业涉及此类问题，可直接向我咨询具体应对方案，我会结合案件细节提供专业建议。