个人借公司名义违法破坏农田，将面临行政处罚、刑事责任追究以及民事赔偿责任，具体处理方式需根据违法情节的严重程度来确定。以下从不同法律角度进行详细分析：
一、行政处罚
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条，违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
处理方式：
- 自然资源主管部门或农业农村主管部门在发现违法行为后，会进行调查取证，确认违法事实。
- 根据违法情节的严重程度，作出责令限期改正或治理的决定，并可能处以罚款。
- 如果个人或公司拒不履行改正或治理义务，主管部门可以申请人民法院强制执行。
二、刑事责任追究
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
处理方式：
- 如果个人借公司名义违法破坏农田的行为构成犯罪，公安机关会立案侦查，收集证据，查明犯罪事实。
- 检察机关会审查起诉，对符合起诉条件的案件提起公诉。
- 法院会依法审理，根据犯罪情节和后果作出判决，追究犯罪者的刑事责任。
三、民事赔偿责任
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因污染环境、破坏生态造成他人损害的，侵权人应当承担侵权责任。
处理方式：
- 如果个人借公司名义违法破坏农田的行为导致他人（如农田所有者或使用者）遭受损失，受害者可以依法提起民事诉讼，要求侵权者承担赔偿责任。
- 法院会根据受害者的损失情况、侵权者的过错程度等因素，判决侵权者赔偿相应的经济损失。
四、其他注意事项
个人与公司责任划分：
- 如果个人是借公司名义进行违法活动，但公司并未参与或不知情，个人应承担主要责任。
- 如果公司明知或应知个人借其名义进行违法活动而未制止或参与其中，公司也可能承担相应的法律责任。
证据收集与保存：
- 在处理此类案件时，证据的收集与保存至关重要。包括现场照片、视频、证人证言、鉴定报告等，都可以作为证明违法事实和损失情况的重要依据。
及时咨询与应对：
- 如果个人或公司面临此类法律问题，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合理的应对策略。
- 在接受调查或诉讼过程中，应积极配合相关部门的工作，如实陈述事实，提供证据材料。