核心结论：没有准建证建房属于违法建设行为，自然资源局立案处理是依法履行职责的表现，后续处理是否合法需根据具体程序和结果判断。以下从法律定性、处理程序、救济途径三个角度展开分析：

1. 法律定性：无证建房的违法性

根据《城乡规划法》第64条及《土地管理法》第77条，建设房屋需同时满足两个条件：

• 土地合法性：需取得集体土地使用权证（农村）或国有土地使用权证（城市）；
  
• 规划许可：需取得建设工程规划许可证（城市）或乡村建设规划许可证（农村）。
  

若未取得准建证（即规划许可），即使土地权属合法，建房行为仍构成“未取得建设工程规划许可证进行建设”，属于违法建设。自然资源局作为城乡规划主管部门，有权立案查处。

2. 处理程序：自然资源局的合法操作流程

自然资源局立案后，需依法履行以下程序，否则可能构成程序违法：

• 调查取证：需现场勘验、询问当事人、调取土地权属证明等，确认违法事实；
  
• 告知权利：需向当事人送达《行政处罚事先告知书》，告知拟处罚内容及陈述申辩权；
  
• 听证程序：若涉及较大数额罚款或拆除等重大处罚，当事人有权申请听证；
  
• 作出决定：根据调查结果，作出《行政处罚决定书》，明确限期改正、罚款或拆除等措施；
  
• 执行与救济：若当事人不履行，可申请法院强制执行；当事人可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
  

若自然资源局未履行上述程序（如未告知权利、未听证直接拆除），则处理行为违法，当事人可主张程序违法要求撤销处罚。

3. 救济途径：当事人的合法权利

即使建房行为违法，当事人仍享有以下权利：

• 陈述申辩：在收到《行政处罚事先告知书》后，可提交书面材料说明情况（如历史遗留问题、家庭困难等）；
  
• 申请听证：对拟处罚内容有异议的，可要求自然资源局组织听证；
  
• 行政复议：对处罚决定不服的，可向同级政府或上级自然资源部门申请复议；
  
• 行政诉讼：直接向法院起诉，请求撤销或变更处罚决定。
  

特别提醒：若房屋属于“唯一住房”或“历史遗留问题”（如建于2008年《城乡规划法》实施前），可能适用“限期改正+罚款”而非直接拆除，需结合地方政策主张权利。

4. 风险提示：违法建设的后果

若最终认定违法且无法补办手续，可能面临：

• 强制拆除：自然资源局可申请法院强制执行，拆除费用由当事人承担；
  
• 罚款：按工程造价的5%-10%罚款（城市）或按占用面积处每平方米10-30元罚款（农村）；
  
• 信用惩戒：违法信息可能纳入征信系统，影响贷款、招投标等。
  

建议行动：立即停止施工，收集土地权属证明、建房时间证据等材料，主动与自然资源局沟通补办手续或申请从轻处理。若已收到处罚决定，务必在法定期限内行使救济权利。

如有进一步细节（如建房时间、土地性质、处罚内容等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的建议。