结论：当原告主张司法鉴定而被告不同意时，法院会根据具体情况和相关法律规定进行处理。被告可通过提出书面异议、申请重新鉴定、申请鉴定人出庭作证并质证、提供相反证据反驳以及从法律角度质疑等多种途径来维护自己的权益。以下是对此问题的详细分析：

一、法院审查与决定

1. 审查鉴定必要性：法院会对原告的鉴定申请进行审查，评估鉴定的必要性、可行性和相关性。这是法院决定是否启动鉴定程序的关键步骤。

2. 依职权决定鉴定：若法院认为鉴定对于查明案件事实具有关键作用，即使被告不同意，法院也有权依职权委托鉴定机构进行鉴定。这是基于《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十条的规定。

二、被告的异议处理

1. 提出书面异议：被告若对鉴定申请有异议，应在法定期限内以书面形式向法院提出，并说明理由。这是被告表达异议的正式途径，也是法院考虑被告意见的重要依据。

2. 申请重新鉴定：

   • 提出理由：若鉴定机构或人员不具备资格、鉴定程序严重违法（如样本提取不规范、未遵循回避制度）、鉴定结论依据不足等，被告可向法庭提出合理的重新鉴定申请。
   • 提交申请与审查：在规定举证期限内以书面形式向法院提交申请，说明具体事项、理由及目的。法院将审查申请，判断是否有必要启动重新鉴定程序，并确保新鉴定机构的资质和公信力。

3. 申请鉴定人出庭作证并质证：

   • 提出请求：被告可向法院申请鉴定人出庭作证，法院认为有必要时会通知鉴定人出庭。
   • 质证环节：在庭审中，被告可就鉴定机构和人员的资质、鉴定程序的合法性、鉴定依据和方法的科学性等方面对鉴定人进行质证，通过面对面交流和质疑展示原鉴定可能存在的问题。

4. 提供相反证据反驳：

   • 收集证据：被告应积极收集能反驳鉴定结论的证据，如新证人证言、其他专业机构的不同意见报告等。
   • 提交与阐述：在规定时间内将证据提交给法庭，并在庭审中进行充分阐述和说明，以削弱原鉴定结论的证明力。

5. 从法律角度质疑：

   • 检查鉴定结论是否超出鉴定机构业务范围，或鉴定人员是否具备资格等。若发现问题，可向法院提出异议，要求不予采信鉴定结论。

三、鉴定程序的推进与结果运用

1. 鉴定程序的推进：一旦法院决定启动鉴定程序，将依法选定或指定具备相应资质的鉴定机构。双方当事人应配合鉴定机构的工作，提供必要的材料和信息。

2. 鉴定结果的运用：鉴定完成后，鉴定机构会出具鉴定意见书。法院会将鉴定意见书作为认定案件事实的重要证据之一，并结合其他证据进行综合判断。

四、注意事项

1. 尊重法院的决定：无论原告还是被告，都应尊重法院的决定，积极配合鉴定工作。这是维护司法公正和效率的基本要求。

2. 合法行使权利：在鉴定过程中，双方当事人应合法行使自己的权利，不得干扰或阻碍鉴定工作的正常进行。否则，可能面临法律制裁。

3. 关注鉴定质量：选择具备相应资质和经验的鉴定机构，确保鉴定结果的准确性和可靠性。这是维护自身权益的重要保障。

总结：当原告主张司法鉴定而被告不同意时，被告应通过合法途径积极表达异议并参与后续程序。通过提出书面异议、申请重新鉴定、申请鉴定人出庭作证并质证、提供相反证据反驳以及从法律角度质疑等方式，确保自身权益得到充分保障。同时，被告也应尊重法院的决定并合法行使自己的权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。