行政行为被确认违法后，赔偿请求人申请国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。以下是对这一问题的详细分析：
一、申请赔偿期限的具体规定
一般时效：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年。这一时效的起算点是赔偿请求人知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日。
- 重要的是，如果赔偿请求人被羁押等限制人身自由，这段期间不计入两年的时效内。
时效中止：
- 在赔偿请求时效的最后六个月内，如果赔偿请求人因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权，时效将中止。
- 当中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间将继续计算。
特殊情况：
- 如果赔偿请求人在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，那么将适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
二、申请赔偿期限的计算示例
假设某公民在2023年1月1日知道其财产权被某行政机关的违法行政行为侵犯，那么其申请国家赔偿的时效将从2023年1月1日起计算，至2025年1月1日届满。如果该公民在2024年6月1日至2024年12月1日期间因不可抗力（如自然灾害）无法行使请求权，那么这段时间将从时效中扣除，时效将在2025年6月1日届满（假设不可抗力在2024年12月1日消除）。
三、行政行为被确认违法后的其他影响
行政行为的效力：
- 行政行为被确认违法后，其公定力、确定力、拘束力和执行力均会受到影响。公众无需再将其视为合法行为，行政机关原则上应对其进行纠正，相对人也有权拒绝履行该违法行政行为所设定的义务。
赔偿义务机关的处理：
- 赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。如果赔偿请求人对决定不服，可以在规定期限内向上一级机关申请复议或向人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
四、法律建议
及时申请：
- 赔偿请求人应在知道或应当知道权利被侵犯之日起两年内及时申请国家赔偿，以免错过时效。
保留证据：
- 赔偿请求人应保留好相关证据，如行政行为文书、侵权事实证明等，以便在申请赔偿时提供有力支持。
咨询专业律师：
- 在申请赔偿过程中，如果遇到复杂问题或不确定如何操作，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
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