若单位对于初次劳动能力鉴定结果有异议并申请再次鉴定，但员工不配合，第一次鉴定结果在特定条件下仍可能具有效力，但具体情况需结合实际分析。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律框架与鉴定程序
再次鉴定的申请条件与流程：
- 根据《工伤保险条例》第二十六条，单位或个人对初次劳动能力鉴定结论不服的，可在收到结论之日起15日内向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。
- 申请时需提交《劳动能力再次鉴定申请表》，详细说明异议理由和依据，并附相关证据材料。
员工不配合的影响：
- 员工不配合可能影响再次鉴定的进行，因为再次鉴定通常需要查阅病历资料、进行医学检查等，这些都需要员工的参与。
- 若员工无正当理由拒绝配合，且该配合是再次鉴定所必需的，单位可向劳动能力鉴定委员会说明情况，并请求委员会根据现有材料作出判断或采取其他合理措施。
二、第一次鉴定结果的效力
一般情况下的效力：
- 在未进行再次鉴定或再次鉴定结论未出具前，初次鉴定结果通常具有暂时的效力，可作为工伤赔偿等处理的依据。
- 但若单位在法定期限内提出了再次鉴定申请，且该申请符合法定条件，则初次鉴定结果的效力可能受到挑战，需等待再次鉴定结论。
员工不配合下的特殊处理：
- 若员工不配合导致再次鉴定无法进行，且单位已尽到合理通知和说明义务，劳动能力鉴定委员会可能根据现有材料维持初次鉴定结果，或作出其他合理决定。
- 在某些情况下，若员工的不配合被视为放弃再次鉴定的权利，初次鉴定结果可能因此成为最终结论。但这一判断需由劳动能力鉴定委员会根据具体情况作出。
三、法律建议与风险防范
对单位的建议：
- 在提出再次鉴定申请前，确保已收集到充分的证据材料来支持自己的异议。
- 及时与员工沟通，说明再次鉴定的必要性和重要性，争取员工的配合。
- 若员工拒绝配合，及时向劳动能力鉴定委员会说明情况，并请求委员会根据现有材料作出判断或采取其他合理措施。
对员工的建议：
- 理解单位提出再次鉴定的合理性和合法性，积极配合鉴定工作。
- 若对初次鉴定结果有异议，也可通过合法途径提出自己的意见和证据。
- 拒绝配合可能影响自己的权益，需谨慎考虑。
四、可能面临的法律后果
若单位胜诉（即再次鉴定结论与初次不同）：
- 单位可能需根据新的鉴定结论调整工伤赔偿等处理方案。
- 员工可能需接受新的鉴定结果，并据此享受相应的工伤保险待遇。
若单位败诉（即再次鉴定结论与初次相同或员工不配合导致无法再次鉴定）：
- 单位需继续按照初次鉴定结果处理工伤赔偿等事宜。
- 员工可继续享受基于初次鉴定结果的工伤保险待遇。
总结来说，单位对于初次劳动能力鉴定结果有异议并申请再次鉴定时，员工的不配合可能影响鉴定的进行和结果的效力。但具体如何处理需由劳动能力鉴定委员会根据现有材料和具体情况作出判断。因此，建议单位和员工都积极配合鉴定工作，以确保鉴定结果的公正性和准确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。