在行政土地权属争议案件中，若按照民事诉讼法申请再审并裁定再审，这一行为本身并不直接构成程序违法，但关键在于该案件是否本应适用行政诉讼程序而非民事诉讼程序。以下是对此问题的详细分析：

1. 案件性质与诉讼程序的选择：

   • 行政土地权属争议案件，其本质是行政争议，涉及的是行政机关对土地权属的确认或裁决。这类案件通常应当通过行政诉讼程序来解决，即当事人对行政机关的具体行政行为不服，可以向人民法院提起行政诉讼。
   • 民事诉讼法主要调整的是平等主体之间的民事法律关系纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等。在行政土地权属争议案件中，如果错误地选择了民事诉讼法作为诉讼程序，那么从程序选择上来说，就是不当的。

2. 再审程序的适用：

   • 再审程序是针对已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，发现确有错误而进行的重新审理程序。无论是民事诉讼还是行政诉讼，都有再审程序的规定。
   • 如果一个行政土地权属争议案件错误地进入了民事诉讼程序，并且已经作出了生效判决或裁定，那么当事人如果认为该判决或裁定有错误，理论上是可以按照民事诉讼法的规定申请再审的。但这并不意味着这种再审申请就是合法的或恰当的，因为从根本上说，该案件可能本就不应适用民事诉讼法。

3. 程序违法的判断：

   • 程序违法通常指的是在诉讼过程中违反了法律规定的诉讼程序或诉讼规则。在行政土地权属争议案件中，如果错误地选择了民事诉讼法作为诉讼程序，并且在此基础上进行了再审申请并裁定再审，那么这种“错误选择诉讼程序”的行为本身可能构成一种程序上的不当或错误，但严格来说，并不直接等同于“程序违法”在再审裁定这一环节上的体现。
   • 真正的程序违法可能更多地体现在诉讼程序的选择、管辖权的确定、诉讼参与人的权利保障等方面。例如，如果应当由行政法院管辖的案件被错误地由民事法院管辖，或者当事人在诉讼中的权利被剥夺或限制等，这些才更可能构成程序违法。

4. 建议与后果：

   • 对于行政土地权属争议案件，当事人应当首先明确案件的性质，选择正确的诉讼程序（即行政诉讼程序）来维护自己的权益。
   • 如果已经错误地进入了民事诉讼程序，并且已经作出了生效判决或裁定，当事人虽然可以按照民事诉讼法的规定申请再审，但更建议考虑通过其他合法途径（如申请行政复议、提起行政诉讼等）来纠正错误。
   • 如果因为错误选择诉讼程序而导致再审裁定等后续程序出现问题，当事人可能需要承担一定的法律后果，如诉讼时间的延长、诉讼成本的增加等。

综上所述，行政土地权属争议案件按照民事诉讼法申请再审并裁定再审，并不直接构成程序违法，但关键在于案件是否本应适用行政诉讼程序。如果案件性质判断错误导致诉讼程序选择不当，那么当事人应当及时纠正并选择正确的诉讼程序来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。